При поддержке Иннокентия архимандрит Феодор организовал для учеников 5-6 классов семинарии проповеднический кружок. Архиепископ определил для этого четыре приходские церкви (Варваринскую, Покровскую, Старо-Покровскую и Введенскую), где учащиеся «пробовали» себя в проповеднической деятельности на ранних литургиях. «Искренно радуюсь, что дело проповедничества становится живым, увлекающим собою молодых проповедников», – писал Иннокентий в ответ на отчёт архимандрита Феодора о деятельности проповеднического кружка. В 1904 г. Иннокентий назначил архимандрита Феодора редактором неофициальной части «Тамбовских епархиальных ведомостей», поощрял инициативу архимандрита предоставлять страницы издания для обсуждения «общих пастырских интересов и вопросов и для обмена мыслей». Время управления Иннокентием Тамбовской епархией омрачилось революционными событиями 1905 г. Часть семинаристов охватил, по определению Иннокентия, «дух бунта». Так, в марте 1905 г. после попытки объявить забастовку 20 семинаристов были отчислены, в октябре того же года учащиеся вновь взбунтовалась, предъявили ректору петицию из 16 пунктов с требованием различных реформ. В итоге Иннокентий распорядился прекратить занятия в семинарии и распустить учащихся. После ряда мер, принятых архиереем, занятия возобновились. 25–27 января 1906 г. Иннокентий организовал первое пастырское собрание духовенства Тамбовской епархии, на котором архимандрит Феодор (Поздеевский) выступил с докладом о реформе духовных школ. Он заметил, что духовная «школа профессиональная и сословная, но она же и общеобразовательная. Отсюда постоянная борьба направлений светского и духовного, и перевес, кажется, на стороне светского». Архимандрит Феодор предлагал отделить «светский элемент» и создать «совершенно особый тип пастырской школы» для тех, кто искренно желает связать свою судьбу с церковным служением (Государственный архив Тамбовской области). Этот проект, несколько сократив и переработав, Иннокентий представил в Святейший Синод. Иннокентий боролся против активизировавшихся на Тамбовщине с 1905 г. сект хлыстов, молокан и особенно баптистов. Выступая 5 января 1909 г. на епархиальном собрании духовенства, он говорил о деятельности баптистских проповедников: «За последние три года нам приходится быть свидетелями того, как постепенно пробуждается и поднимает голову сектантство, как настойчивее требует оно от гражданской власти свободы своего вероисповедания, признания своих общин законом» («Тамбовские епархиальные вести»). Одновременно к началу XX в. в Тамбовской епархии остро встал вопрос о внутренней миссии, т.е. просвещении самих православных прихожан, поэтому существовавшее в Тамбове Казанско-Богородичное миссионерское братство Иннокентий преобразовал в Богородично-Серафимовское миссионерское просветительское братство. На епархиальном съезде духовенства 27 января 1907 г. все клирики стали членами этого братства.