Накануне торжеств по инициативе Иннокентия близ дорог, ведущих в Саровскую в честь Успения Пресвятой Богородицы пустынь, были устроены для богомольцев около сотни временных ночлежных бараков с часовнями, а также особые бараки «для заразных», «для буйных», колодцы и т.д. В каждой часовне постоянно находился чередной священник и певчие, совершались панихиды и молебны. Для служения в часовнях Иннокентий пригласил 30 иеромонахов из монастырей Тамбовской, Нижегородской и Харьковской епархий, 30 священников Тамбовской епархии и около 150 послушников и причётников. 3 июля 1903 г. Иннокентий вместе с митрополитом Антонием, Нижегородским епископом Назанием (Кирилловым) прибыл в Саровскую пустынь, отслужил заупокойную литургию и панихиду по старцу Серафиму, затем участвовал во всех основных богослужениях, крестных ходах и других торжествах, в том числе связанных с посещением Сарова и Дивеева царской семьёй. Составил акафист преподобному Серафиму, который был принят Синодом. В 1904 г. Иннокентий восстановил Козловское викариатство, вдовствовавшее с 1869 г. более 30 лет, чётко обозначив круг полномочий викария: пенсионное обеспечение духовенства, хозяйственные дела духовных училищ, ведение церковной документации (контроль за исповедными, метрическими, обыскными, приходо-расходными книгами), следственное производство по брачным делам и проч. За пятилетний период управления Иннокентием епархией были построены просторное здание женского епархиального училища, несколько храмов, в том числе тамбовский во имя Николая Чудотворца (1908 г.), монументальный пятикупольный Михаило-Архангельский (1909 г.) в селе Мордове, Покровский в Гавриловке (в имении А.Н. Сатиной), Свято-Троицкий (1908 г.) в селе Вановье, в 1905–1906 гг. перестроен кафедральный Преображенский собор (конец XVII в.). В Тамбовском духовном училище была устроена домовая церковь во имя Серафима Саровского (1904 г.). Ремонтные и реставрационные работы проведены в Старо-Покровской (1760 гг.) и Варваринской (начало XIX в.) церквах, в тамбовском в честь Казанской иконы Божьей Матери мужском монастыре (перестроена Крестовая церковь, новый иконостас для которой Иннокентий заказал московскому художнику И.Г. Лебедеву), в тамбовском в честь Вознесения Господня монастыре (в 1906–1908 гг. отреставрирован Вознесенский собор, освящены боковые Никольский и Екатерининский приделы). В 1904–1906 гг. Иннокентий тесно сотрудничал с ректором семинарии архимандритом Феодором (Поздеевским; впоследствии архиепископ Волоколамский), поддерживал и инициировал многие его духовно-просветительские начинания. С 14 ноября 1904 г. по благословению Иннокентия в семинарии проводились публичные еженедельные воскресные чтения «по вопросам религиозно-философским и литературно-общественным».