В 1761 (1762) г. в монастырь Иоанна Милостивого из луцкого Братского в честь Воздвижения Креста Господня монастыря была переведена школа философии, которую возглавлял Саллюстий Кобылинский. Здесь в 1765 г. был написан учебник по философии «Природная наука» (сохранился в Отделе рукописей Национальной библиотеки имения Ивана Яковлевича Франко, Львов). Кроме того, в 1768 г. загаецкими монахами был составлен ещё один учебник по философии – «Наставления по всеобщей философии», который хранится в отделе рукописей Центральной научной библиотеки имени Владимира Ивановича Вернадского в Киеве. В 1774–1794 гг. при монастыре Иоанна Милостивого наряду со школой философии действовала также школа риторики. В 1776 г., при супериоре Д. Явлошевиче, в монастыре Иоанна Милостивого был разобран старый братский корпус; в 1780–1782 гг. выстроен более просторный двухэтажный. В 1730 г. новый владелец села Загайцы, правнук И.Н. Ярмолинской по женской линии католик М. Блендовский, присвоил себе земли монастыря Иоанна Милостивого, приказал разрушить все «межи» и межевые знаки, отделявшие эти земли от его собственных, вырубил монастырский лес и завладел рыбными ловлями, угрожая монахам побоями в случае сопротивления. В 1734 г. Загайцами и Шумбаром владели уже дочь этого дворянина Регина Блендовская-Бозская и её муж Матфей Бозский, каштелян Рава-Русского повета. В начале 1734 г. село Загайцы и монастырь пострадали от нападения неких «козаков», вследствие чего владельцы села были вынуждены оказывать помощь некоторым жителям, о чём упоминается в описи их владений. В 1784 г. польский суд восстановил справедливость в отношении имений монастыря, но ненадолго. За эти земли униатский монастырь вёл тяжбы с потомками М. Блендовского, в частности, с помещиком Скибицким и с купившим у него село Загайцы в 1780 гг. графом Каетаном Бобром-Пиотровицким (1760–1831 гг.), в судах сначала Польши, а затем Российской империи. Последний до 1795 г. служил полковником королевского двора Речи Посполитой. Он построил в Загайцах дворец, состоявший из трёх «палат», который стал впоследствии одним из самых красивых в крае. После возвращения монастыря из унии в православие с 1796 г. этот судебный процесс продолжала вести в Житомире, в губернском суде, православная Волынская духовная консистория. После третьего раздела Польши монастырь Иоанна Милостивого одним из первых на Волыни был возвращён в православие. По мнению М. Орловича, василианский монастырь был упразднён вследствие так называемой кассаты, или редукции, когда малобратные униатские обители присоединялись к более крупным. По предположению иеромонаха Анатолия (Ключарёва), быстрый переход обители в православие мог состояться лишь при условии возвращения в православие униатской братии. По мнению исследователей, данное предположение ошибочно, поскольку, согласно некоторым документам и мемуарным источникам, переход монастыря в православие не был добровольным. В частности, был арестован униатский настоятель Желяновский, которого заточили в василианском Загоровском Рождество-Богородицком монастыре. Осенью 1794 г. в обитель прибыл протопоп соседнего Ямпольского округа, изгнав при этом униатского игумена В. Роговского.