В 1667 г. игумен обители Вассиан (Савчак) занимал откровенно пропольскую позицию, подчиняясь митрополичьему наместнику Антонию (Винницкому) и призывая гетмана Петра Дорошенко поддержать польское правительство. Сохранился документ от 13 сентября 1667 г. о встрече в Варшаве игумена Вассиана с представителями польского правительства, которые, отправляя его для переговоров в «казацкий край», передали ему ряд примирительных предложений, адресованных Петру Дорошенко. Однако дипломатическая деятельность Вассиана успехов не принесла. Несмотря на новое нашествие крымских татар на Южную Волынь, помощь со стороны потомков И.Н. Ярмолинской продолжала поступать. В частности, 15 ноября 1675 г. её внук Андрей Ярмолинский подтвердил монастырю все его фундуши. Кроме того, согласно записи в Кременецких гродских книгах от 16 ноября 1675 г., А. Ярмолинский уступил монастырю Иоанна Милостивого часть села Мелехи, разорённого татарами в том же году, когда они дошли до Почаева. Монастырь Иоанна Милостивого притесняла и польская шляхта. Согласно «Русской истории Загаецкого монастыря» униатского игумена Бонифатия Кревницкого, 1 сентября 1693 г. проходивший со своим войском через монастырские земли польский пан Вильга отбирал фураж и провиант как у крепостных крестьян обители, так и у иноков. В 1700 г. игумен Феодосий (Волынец) обратился за помощью к гетману Ивану Мазепе (о его ответе исследователям ничего не известно). В апреле 1702 г. в унию уклонился епископ Луцкий и Острожский Дионисий (Жабокрицкий). Последнего православного настоятеля (1700–1714 гг.) игумена Мартиниана (Полумирковича) притесняли польские военные и гражданские власти. Летом 1709 г., во время шведского вторжения на Волынь (1708–1709 гг.), отряд кавалерии из подразделения польских войск под командованием «великого гетмана литовского» Григория Антония Огинского разорил монастырь, требуя, чтобы монахи немедленно приняли унию. Польские солдаты Г.А. Огинского заняли часть келий, выселив монахов. Вскоре на монастырь напали сторонники Яна Сапеги, соперника Г.А. Огинского в борьбе за титул «великого гетмана литовского». В ходе вооружённых столкновений была разграблена Иоанновская церковь (украдены золотые чаши, драгоценные украшения), разорены кельи, похищено монастырское имущество, исчезли многие документы на право владения земельными угодьями. Раненый игумен Мартиниан написал в Кременецкий гродский суд жалобу на действия польских солдат (внесена в гродские книги 13 августа 1709 г.). В 1710–1711 гг. потомки Ярмолинских отпали в унию. В 1711 г. зять и наследник И.Н. Ярмолинской мечник Новогрудский униат Анджей Ян Блендовский, которому досталось имение Загайцы, стал рубить монастырский лес и запретил инокам ловить в пруду рыбу. 27 июня 1712 г. игумен Мартиниан послал в Кременецкий гродский суд жалобу на Блендовского, подчеркнув, что тот поставил под угрозу «целость и безопасность фундуша, данного на монастырь светлой памяти вельможной панной Региной Боговитиновой-Шумбарской Константиновой Ярмолинской на вечные времена».