По преданию, изложенному исследователем истории монастыря Иоанна Милостивого иеромонахом Анатолием (Ключарёвым), раньше в Загайцах существовала женская обитель, настоятельницей которой была близкая родственница И.Н. Ярмолинской. По предположению иеромонаха Анатолия, духовником этой обители мог быть некий Феодосий Высоцкий, имя которого стоит первым в списке православных игуменов, внесённых в помянник монастыря. Характерно, что в соседних населённых пунктах (местечках Шумск и Рохманов) ещё в начале XVII в. существовали православные мужские монастыри (Шумский Симеоновский и Рохмановский Свято-Троицкий). И.Н. Ярмолинская была известна своей благотворительностью. В 1618 (1619) г. на средства И.Н. Ярмолинской и её родственницы Ирины (Раины) Боговитиновой-Могилянки, вдовы магната Михаила Александровича Вишневецкого, в местности Рохманов была открыта первая в Кременецком уезде православная типография, которой заведовал иеромонах Кирилл (Транквиллион-Ставровецкий). По предположению некоторых исследователей, эта типография относилась к уже существовавшему монастырю в Загайцах. В ближайшем к Загайцам местечке Шумбар, которое являлось постоянной резиденцией И.Н. Ярмолинской, с 1645 г. находился женский монастырь Марии Магдалины, основание которого исследователи также приписывают И.Н. Ярмолинской. О завершении строительства в монастыре Иоанна Милостивого исследоватеялм известно из «фундушевой грамоты» И.Н. Ярмолинской от 28 августа 1637 г. (внесена в Кременецкие гродские книги 8 сентября того же года). В грамоте основательница завещала инокам непременно оставаться в православии – «религии греческой, не в унии». Здесь же указана важная деталь: «Выконываючы за ласкою Божею волю, тот монастыр заново родше на вечные часы фундую». Помещица наделила монастырь Иоанна Милостивого различными «вечными фундушами»: прудом для рыбной ловли в урочище Ступно, мельницей, пахотными полями, сенокосами, рощами и дубравами в урочище Хмелище, садами. Обители было подарено село, впоследствии именовавшееся как Малые Загайцы. Его расширение произошло в середине XVII в. вследствие переселения на земли у подножия Монастырской горы тех крестьян, хозяйство которых пришло в упадок или было разорено во время войны 1648–1651 гг. Таким образом, село первоначально существовало как монастырская слобода. Исследователи отмечают, что Загаецкий монастырь, как и Дерманский и Почаевский, был патронатным, и в данном случае ведущую роль в создании основы монастырского землевладения и в организации обители сыграли пожертвования и записи магнатов. Престольный праздник в Загайцах отмечали в день Воздвижения Креста Господня, поскольку в селе уже существовала приходская Крестовоздвиженская церковь. В день праздника предписывалось давать для обители от жителей Загайцев и других окрестных сёл определённое количество хлеба в снопах и по «доброму возу» сена ежегодно. Приходский храм в Загайцах впервые упоминается в документе от 31 октября 1600 г. в завещании отца Ирины Николая Боговитина-Шумбарского, который просил похоронить его в церкви села Загайцы рядом с супругой.