Несмотря на тяжёлое положение, Иосиф активно защищал права обители. По его ходатайствам гетман Адам Сенявский в 1702 г. и гетман Иероним Любомирский в 1703 г. издали универсалы об освобождении Почаевского монастыря от уплаты гиберны (налога), от военных постоев и от других повинностей. В 1704 г., во время Северной войны, в которой Речь Посполита была союзницей России, Иосиф (Саевич) с частью братии оставил Почаевский монастырь и переселился на земли, находившиеся под русской властью. Он рассчитывал вернуться в Почаев, временным настоятелем обители назначил игумена Подлесецкого монастыря Антония (Максимовича). Впоследствии в челобитной царю Петру I, имеющей автобиографический характер, Иосиф писал, что «с братиею тамошнею едино от нашествия неприятельского шведского, а другое от неуставаемаго в том краю (на Волыни) гонения на благочестие, переехав с Волыни, получил себе пристанище в державе православного монарха русского». Иосиф взял с собой часть имущества обители, которое отдал на хранение в Черниговский архиерейский дом, монастырские деньги он передал гетману Ивану Степановичу Мазепе (и вещи и деньги были утрачены). По благословению Киевского митрополита Варлаама (Ясинского) Иосиф (Саевич) стал настоятелем козелецких монастырей во имя Святой Троицы и во имя великомученика Георгия (см. Георгия Победоносца монастырь в селе Даневка Черниговской области, Украина). Иосиф пользовался расположением влиятельных киевских полковников Волынского и Танского, много сделавших для обустройства козелецких монастырей. В 1706 г. после личного вмешательства царя Иосиф вернулся на должность игумена Почаевского монастыря, благодаря чему на некоторое время польские власти прекратили принуждать братию к переходу в унию. Иосиф пытался вывести свою обитель вместе с приписанными к ней Загаецким святителя Иоанна Милостивого монастырём (ныне в селе Загайцы Тернопольской области, Украина) и Стракловским Рождество-Богородицким мужским монастырём (существовал в селе Страклов, ныне в черте города Дубно Ровненской области, Украина) из-под власти униатского Луцкого епископа. Иосиф хотел добиться ставропигиального статуса для Почаевского монастыря и подчинить его непосредственно Московскому патриарху. 25 февраля 1712 г. Иосиф написал Петру I челобитную. Грамотой от 12 марта царь «повелел оную обитель с принадлежащими к нему монастырями Загаецким и Стракловским, которые издавна к той обители належат, превратить к престолу ставропигии святейшего Московского Патриарха, над которым дабы митрополиты и епископы и прочие чины разных епархий власти не имели и не вступались».