Указом епископа Афанасия (Шумлянского) Почаевский монастырь в 1694 г. возглавил игумен Иакинф (Жуковский). После смерти епископа Афанасия (Шумлянского) в 1694 г. епископ Иосиф (Шумлянский) назначил настоятелем Мардария (Столпинского), которого вскоре сменил игумен Иосиф (Добромирский). В 1695 г. при поддержке волынской православной шляхты на Луцкую кафедру был избран один из лидеров луцкого Крестовоздвиженского братства – Дмитрий Жабокрицкий (в монашестве Дионисий). Вместе с Иосифом Жабокрицкий провёл ревизию Почаевского монастыря и составил подробную опись имущества. 29 декабря 1696 г. Иосиф (Саевич) от имени игумена Иосифа (Добромирского) внёс в луцкие гродские книги заявление в поддержку избранного епископа Дионисия (Жабокрицкого) и с осуждением деятельности Иосифа (Шумлянского), пытавшегося не допустить Дионисия к управлению Луцкой епархией. По поручению Дионисия (Жабокрицкого) Иосиф (Саевич) вместе с игуменом Иосифом 16 июня 1697 г. рассматривал чудеса от иконы Божьей Матери в церкви в селе Подлесцы Кременецкого повета. После подтверждения достоверности чудес было решено основать при храме мужской монастырь. 30 января 1698 г. братия по согласованию с графом Тарнавским избрала Иосифа (Саевича) игуменом Почаевского монастыря. Первым делом нового настоятеля стало урегулирование судебных споров с Тарнавскими, с которыми в 1698–1699 гг. были заключены мировые сделки: Почаевскому монастырю было возвращено его имение село Комнатка Кременецкого повета. 23 мая 1700 г. Дионисий (Жабокрицкий), игумен Бельско-Подляшского монастыря Сильвестр (Тройцевич) и Иосиф (Саевич) на встрече в Варшаве с русским послом Любимом Сергеевичем Судейкиным информировали его о намерениях Иосифа (Шумлянского) открыто принять унию. Западнорусские клирики говорили о царе как о единственном защитнике православных в Речи Посполитой. В 1701 г. Иосиф (Саевич) добился от короля Августа II грамоты, которой гарантировалось «свободное сохранение в монастыре Почаевском веры восточной древней Церкви, от незапамятных времён в оном беспрерывно и беспрепятственно содержимой». Грамота была выдана в связи с гонениями на обитель со стороны открыто перешедшего в унию епископа Иосифа (Шумлянского) и ледуховских шляхтичей. В 1702 г., после отпадения от православия Дионисия (Жабокрицкого), Иосиф (Саевич) отказался принять вслед за ним унию. В заявлении от 27 мая 1702 г. Иосиф пригрозил, что в случае принуждения его к унии уедет в Москву с чудотворной Почаевской иконой Божьей Матери и другими святынями обители. За отказ от унии и пророссийскую ориентацию Иосиф подвергся гонениям со стороны властей.