2 января 1782 г. Иосиф II издал «патент о веротерпимости» по отношению к евреям, проживавшим в Нижней Австрии (с 1789 г. «патент» распространялся и на другие части империи), предоставив евреям возможность проживать в городах, приобретать земельные участки, создавать национальные школы; в документе отменялось ношение евреями специальной одежды, предписывалось получение ими немецких фамилий. «Патенты о веротерпимости» позволили некатолическому населению монархии Габсбургов занимать государственные должности. Религиозная политика Иосифа II, имевшая основной целью подчинение католической церкви нуждам государства, осложнила отношения императора с Папским престолом. В 1782 г. обеспокоенный религиозной политикой Иосифа II папа Римский Пий VI предпринял поездку в Вену, где безуспешно пытался добиться от императора изменений курса в отношении католической церкви. В годы правления Иосифа II была проведена секуляризация имущества некоторых католических монашеских орденов и монастырей, изменена система подготовки и обучения клириков, выпущены распоряжения о проведении богослужений, упорядочены границы епископств и др. Внешняя политика императора была не слишком удачной. В союзе с Россией Иосиф II вёл военные действия против Османской империи. Первые операции в районе Белграда закончились поражением императорской армии и вторжением османских войск в южные комитаты Венгрии. К военным неудачам императора прибавилась ещё и эпидемия малярии, которой заболел Иосиф II. Первоначально политика Иосифа II встретила поддержку среди разных слоёв населения, однако политика германизации и унификации способствовала началу борьбы за равенство наций в монархии Габсбургов, появлению антиабсолютистских движений. Конец правления Иосифа II совпал с глубоким политическим кризисом. Во многом по причине недовольства религиозной политикой Иосифа II в 1789 г. в Австрийских Нидерландах началась так называемая Брабантская революция, в результате которой было провозглашено создание независимых Соединённых штатов Бельгии. Венгрия оказалась на грани восстания, представители венгерской политической элиты и правящие дома Баварии и Пруссии вели активные переговоры о низложении Габсбургов. Начавшаяся в 1789 г. Французская революция способствовала активизации антиабсолютистских выступлений в разных областях империи Габсбургов. Стремясь спасти положение и не допустить революции в своих владениях, Иосиф II аннулировал почти все свои декреты (кроме отмены крепостного права и «патентов о веротерпимости»), обещав возобновить работу венгерского Государственного собрания и вернуть корону св. Стефана (Иштвана) в Венгрию. Однако ни подготовка к работе Государственного собрания, ни возвращение короны в Буду не смогли восстановить порядок в Венгрии. По всей стране продолжалось формирование вооружённых отрядов, венгерские полки, расположенные в других частях империи, возвращались на родину для её защиты, продолжались переговоры о приглашении на трон новой династии. После смерти Иосифа II император Леопольд II сумел восстановить власть Габсбургов в Бельгии и положить конец беспорядкам в Венгрии, сохранив в империи большинство проведённых Иосифом II реформ и преобразований.