После кончины митрополита Иона благословил Пахомия на написание канона святителю. По мнению исследователей, ко времени вскоре после возведения церкви во имя Сергия Радонежского на владычном дворе в Новгороде (1459 г.) относится заказ Ионы Пахомию на составление канона преподобному Сергию («да уяснить память в храме его» – «Библиотека литературы Древней Руси», том 7). Житие Михаила Клопского, написать которое Иона просил Пахомия, не было создано, из-за того что агиограф покинул Великий Новгород. В ноябре 1463 г. Иона принимал в Великом Новгороде митрополита Кесарии Филипповой Иосифа. По заказу Ионы в 1463–1464 гг. был переписан комплект пергаменных служебных Миней. На двух томах Российской государственной библиотеки есть записи писцов. К этому же комплекту исследователи уверенно относят рукописи Российской национальной библиотеки, Библиотеки Академии Наук, Российского государственного архива древних актов. В большинстве летописей, отметивших кончину Ионы, смерть архиепископа отнесена к осени 1470 г. В Строевском списке Псковской третьей летописи указывается 4 ноября, в Московском своде конца XV в. и в Новгородской летописи по списку Дубровского приводится дата 8 ноября (Полное собрание русских летописей, том 25). В заглавии Жития Ионы кончина святителя отнесена к 5 ноября; как следует из текста, эта дата была назнаменована на гробнице святителя («Библиотека литературы Древней Руси», том 7). Мнения исследователей по вопросу о дне смерти Ионы расходятся. Одни авторы придерживаются даты 5 ноября, другие называют осень. Во всяком случае, Иона скончался до избрания и наречения Новгородским архиепископом Феофила 15 ноября 1470 г. Поскольку в великокняжеском своде первой половины 1490 гг. кончина Ионы отнесена к 8 ноября, и эта дата подтверждается Новгородской летописью по списку П.П. Дубровского, представляющей собой новгородский свод архиепископа Макария, то данную информацию, исследователи склонны считать наиболее достоверной (Житие Ионы, составленное, что наиболее вероятно, для Великих Четьих-Миней около 1539 г., является более поздним и менее надёжным источником). Иона был погребён в дубовом гробу в выстроенной по его повелению церкви св. Иоанна Предтечи в Отенской пустыни. Незадолго до смерти, по сообщению Жития, святитель составил «завет... о монастыри своем, яко не насиловати ему, снабдети же братии своей» («Библиотека литературы Древней Руси», том 7). Поскольку тело святителя «не издасть воня», гроб, покрыв досками, сорок дней не засыпали землёй и совершали панихиды.