В послании к митрополиту Иона вновь обещает не признавать митрополита Григория («не обыче дом Премудрости Божия Святыя София волка вместо пастыря приимати, ни горкаго вместо сладкых, ниже камению причащатися, хлебу предлежащу, но дръжатися истинного пастыря, иже дверми в ограду овчю приходящаго и душю за овця полагающа, а не от Рима прелазящаго») и даёт согласие на то, что преемником тяжело болевшего Феодосия на митрополии станет епископ Филипп, при этом сожалеет, что не может посетить митрополита и получить благословение у него, поскольку «и самих нас старость и болезнь постигла есть» (согласно Житию, Иона долгое время страдал болезнью ног). Кроме того, сохранились (в основном, в формулярном изводе) послания, адресованные Ионе: от митрополита Феодосия – сообщение о кончине митрополита Ионы (31 марта – 3 мая 1461 г.), «опасная» (охранная) грамота на беспрепятственный проезд в Москву (27 марта – 22 декабря 1462 г.), заповедная грамота на владение церковными сёлами, землями, водами и на сбор церковных пошлин (26 января 1463 г., по мнению исследователей, составлена в Москве по просьбе находившегося там в это время Ионы), указная заповедная грамота, утверждающая юрисдикцию Новгородского архиепископа по отношению ко всем церковным людям, право распоряжаться церковными сёлами, землями, водами и собирать церковные пошлины (27 января 1463 г.), милостинная грамота, данная митрополиту Кесарии Филипповой Иосифу для сбора пожертвований на «искупление» храма Воскресения в Иерусалиме (4 апреля – 15 мая 1464 г.); от митрополита Филиппа – заповедная грамота о неотчуждаемости сёл и имений, завещанных монастырям и церквам (8 апреля 1467 г.; по-видимому, составлена при участии Ионы); формулярный извод грамоты одного из названных митрополитов Ионе с предупреждением о побеге из Москвы в Великий Новгород некоего монаха-расстриги. Грамоты, охраняющие имущество Новгородского архиерейского дома и церковных учреждений, свидетельствуют о том, что Иона отстаивал имущественные права кафедры перед лицом новгородцев, опираясь на поддержку Москвы. По приглашению Ионы в Великом Новгороде работал агиограф Пахомий Логофет, написавший несколько Житий Новгородских святых и похвальных Слов им. В 1460 г. Иона заказал Пахомию Житие Варлаама Хутынского, Похвальное слово святому и канон, одарив книжника «множеством сребра, куны же и соболми почтив зело» («Библиотека литературы Древней Руси», том 7). Согласно Житию Ионы, впоследствии Пахомию были заказаны служба св. Онуфрию Великому, Жития равноапостольной княгини Ольги, преподобного Саввы Вишерского, св. Евфимия II, архиепископа Новгородского.