Положение новопоставленных иерархов было тяжёлым. Они были рукоположены не только без санкции, но и против воли властей Речи Посполитой, поддерживавших униатскую церковь и считавших униатских епископов единственными законными архипастырями. Православные архиереи не могли рассчитывать на получение земель и доходов, традиционно связанных с соответствующими кафедрами, поскольку и то, и другое находилось в руках униатов. После поставления на митрополичий стол Иов продолжал жить в Михайловском Златоверхом монастыре. В первые месяцы 1621 г. король Сигизмунд III Ваза разослал универсалы, в которых обвинял Иова и других православных иерархов в том, что они вступили в сговор с подданными султана, врага христианской веры, и вопреки воле короля приняли посвящение у самозванца и шпиона султана, а теперь побуждают казаков и других людей к неповиновению. Король предписывал арестовывать епископов и заключать в тюрьму. Православные архиереи не могли находиться в своих епархиях и ушли в Киев под защиту войска Запорожского. Как писал позднее Иов, епископы были вынуждены находиться в Киеве, укрываясь «под криле христолюбивого воинства черкаских молодцов». В это время Польско-Литовское государство вело тяжёлую войну с Османской империей и нуждалось в поддержке казачества, поэтому оно не могло и пытаться арестовать православных иерархов в Киеве, тем более что уже в марте 1621 г. казацкий гетман Яков Бородавка заявил, что казацкое войско окажет помощь Речи Посполитой, если будет признана законность поставления православных епископов. 28 апреля 1621 г. православные архиереи публично выступили против действий власти с протестацией, написанной Иовом. Митрополит доказывал, что патриарх Феофан, с которым власти Речи Посполитой поддерживали официальные отношения, не был ни самозванцем, ни шпионом, и поставленные им епископы не являются ни шпионами, ни бунтовщиками, а добрыми гражданами своей страны. Развивая некоторые высказывания полемистов конца XVI в., Иов показал, что поставлением епископов русский народ в Речи Посполитой лишь реализовал то право, которым он пользовался исстари – право свободно исповедовать свою веру. Таким правом пользуются «пришельцы» в этой стране – евреи, армяне, караимы. Ещё в большей степени такое право принадлежит коренным жителям страны – «дедичам», поскольку, когда русские земли не войной, а «пактами» были присоединены к Польскому королевству, короли присягами обязались сохранить в неприкосновенности религию местного населения. Эти утверждения не только были широко использованы в православной полемической литературе, но и оказали влияние на идеологию нарождавшегося освободительного движения, рассматривавшего политику польской власти на восточнославянских землях как нарушение договорных отношений между ней и русским народом.