В 1576 г. был издан новый литургический сборник «Красная книга» («Röda boken»), созданный по образцу Римского Миссала, но содержавший текст литургии как на латинском, так и на шведском языке. В этом же году Пётр Фехт, посланный Иоанном III в Рим для переговоров с папой, погиб во время кораблекрушения у острова Борнхольм. Нововведения были приняты на риксдаге 1577 г., несмотря на противодействие со стороны герцога Карла, брата Иоанна III, и сторонников крайнего протестантизма; риксдаг 1582 г. утвердил использование новой литургии во всех областях королевства. Однако полное воссоединение с Римом так и не произошло, поскольку Иоанн III не был намерен возвращать папе полноту власти над церковью. По этой причине результатом миссии Антонио Поссевино в Швецию стал лишь рост негодования протестантов. При протекции Екатерины Ягеллонки норвежский иезуит Лаврентий Николаи в 1583 г. создал в бывшем францисканском монастыре католическую школу, которую впоследствии закрыли и разрушили протестанты. В конце жизни даже лояльный к Иоанну III архиепископ Лаврентий Готус выступил против появления иезуитов в королевстве. В 1583 г. скончалась Екатерина Ягеллонка; вторая супруга Иоанна III, Гунилла Бьельке, была протестанткой, она обладала таким же влиянием на короля, как и её предшественница. В 1590 г. по её просьбе Иоанн III выпустил из тюрьмы нескольких оппозиционеров. После смерти Иоанна III Уппсальский собор, созванный герцогом Карлом 5 мая 1593 г., упразднил новую литургию и принял Аугсбургское исповедание. В 1594 г. Вадстенский монастырь был разрушен герцогом Карлом; аббатиса и большинство монахинь были вынуждены в следующем году покинуть Швецию и отправиться в город Гданьск. Непрочный баланс сил в религиозной политике был окончательно нарушен при преемниках Иоанна III. Сын Иоанна III Сигизмунд, также являвшийся правителем католической Речи Посполитой, был убеждённым католиком. Его сверг родной дядя Карл, герцог Сёдерманландский, который, придерживаясь кальвинистских взглядов, в династической борьбе с наследником Иоанна III пользовался поддержкой лютеранской церкви. В результате в 1595 г. риксдаг в Сёдерчёпинге избрал герцога Карла регентом Швеции в отсутствие находившегося в Польше Сигизмунда. В 1599 г., после неудачной попытки Сигизмунда восстановить власть над Швецией, он был низложен, а в 1600 г. его дядя был провозглашён королём Карлом IX, что ознаменовало полную победу протестантской партии.