В 1526 г. на шведский язык был переведён Новый Завет (полный перевод Библии появился в 1541 г.). В 1527 г. на риксдаге в Вестеросе Лаврентий Андреэ провозгласил короля главой Шведской церкви. Несмотря на то что Швеция официально стала протестантской державой, реформационные преобразования на тот момент не носили столь глубинного и всеохватывающего характера, как в немецких лютеранских княжествах: в церквах сохранялись католические реликвии, часть населения праздновало дни памяти католических святых. Наследовавший Густаву I Вазе Эрик XIV продолжил религиозную политику отца, сохраняя все католические обычаи, не противоречившие Священному Писанию. После Тридентского собора (1545 г.) в Европе получили распространение идеи религиозного компромисса – возможности существования варианта церковного устройства, который примирил бы сторонников Реформации с Римской церковью. Во время заключения в замке Грипсхольм Иоанн III познакомился с трудами голландского католического теолога Георга Кассандера (1512–1566 гг.), считавшего возможным воссоединение католической и протестантской церквей, при условии что католическая церковь, сохраняя свою иерархию, откажется от злоупотреблений. При поддержке теолога Петра Фехта, получившего образование в Виттенберге, и второго лютеранского архиепископа Уппсальского Лаврентия Петра Готуса (1575–1579 гг.) Иоанн III в 1574–1575 гг. на двух Соборах заставил духовенство принять ряд прокатолических нововведений. Первая супруга Иоанна III, Екатерина Ягеллонка, окружала себя католическими монахами, что вызывало возмущение среди сторонников Реформации. В 1572 г. она обсуждала с кардиналом Станиславом Гозием (1561–1579 гг.) возможность возвращения Швеции в лоно католической церкви. В 1573 г. сын низложенного короля Эрика XIV был отослан в Польшу к иезуитам. В 1575 г. Иоанн III снял для сохранившихся в Швеции католических монастырей запрет на приём новых послушников. Иоанн III и Екатерина покровительствовали Вадстенскому бригиттскому женскому аббатству, в 1580 г. реформированному папским легатом Антонио Поссевино. Аббатиса Катарина Бенгтсдоттер (ум. в 1593 г.) пользовалась расположением королевской четы; в 1580 г. в аббатстве было 20 сестёр.