13 декабря 1570 г. был заключён Штеттинский мир, согласно которому Иоанн III отказывался от притязаний на датские провинции Сконе, Халланд, Блекинге и на остров Готланд, выделенный из Линчёпингской епархии. Дания получала выкуп за шведскую крепость Эльвсборг (150 тыс. риксдалеров). Швеция в обмен на компенсацию передавала императору Священной Римской империи Максимилиану II свои владения в Ливонии. Любек также получал от Швеции 75 тыс. риксдалеров. Кальмарская уния была упразднена, поскольку датский король обещал больше не претендовать на шведскую корону. Выплата выкупа за Эльвсборг стала тяжёлым бременем для населения Швеции. В ходе Ливонской войны (1558–1583 гг.), первоначально успешной для Московского государства, но завершившейся тяжёлым поражением, Швеция завоевала ряд территорий. После заключения Плюсского перемирия 1583 г., продлённого в 1585 г., Швеция де-факто сохраняла за собой захваченные ранее Ям, Копорье, Ивангород, Корелу (Кексгольм) и др.; юридически территориальные споры урегулированы не были. В 1593 г., во время Русско-шведской войны (1590–1595 гг.), было заключено перемирие, а 18 мая 1595 г. по Тявзинскому мирному договору Московское государство признало права Шведского королевства на княжество Эстляндское. Швеция возвращала царю крепость Корела с уездом и признавала принадлежащими Московскому государству Ивангород, Ям, Копорье, Орешек и Ладогу. На правление Иоанна III пришлась так называемая литургическая битва (liturgiska striden), 20-летний спор (1574–1593 гг.) о судьбе Шведской церкви, вызванный попыткой Иоанна III создать новый церковный порядок, который соединял бы черты католицизма и протестантизма. Отец Иоанна III Густав I Ваза вскоре после прихода к власти в 1523 г. обратился к папе Клименту VII с просьбой утвердить Иоанна Магнуса (1488–1544 гг.) в качестве архиепископа Уппсальского и примаса Швеции вместо Густава Тролле (1488–1535 гг.), низложенного и отправленного риксдагом в изгнание. Однако папа отказался признавать королевского ставленника, требуя восстановить Густава Тролле на его кафедре. В знак разрыва с Римом Густав I Ваза приблизил к себе шведских лютеран Лаврентия Андреэ (Ларса Андерссона) и братьев Олауса Петри (Олафа Перссона) и Лаврентия Петри Нериция (Ларса Перссона), способствовал развитию протестантского книгопечатания.