Иоанн Цимисхий был вынужден отстранить Феофано от власти и выслать её в резиденцию на Принцевы острова, опасаясь того, что Феофано может организовать новый дворцовый заговор, уже против него. 25 декабря 969 г. состоялась коронация Иоанна Цимисхия. В 970 г. Иоанн Цимисхий, разведясь с Марией Склириной, женился на порфирородной царевне Феодоре, дочери императора Константина VII. Тем самым он породнился с правящей Македонской династией, стал соправителем и опекуном юных порфирородных царей Василия II (11 лет, император с 960 г.) и Константина VIII (8 лет, император с 962 г.), сыновей императора Романа II и внуков императора Константина VII. В 970 г. против Иоанна Цимисхия был организован мятеж части войска в Кесарии Каппадокийской во главе с Вардой Фокой, но он был вскоре подавлен, и по результатам судебного разбирательства его предводители лишились постов и были отправлены в ссылку. О внутренней политике Иоанна Цимисхия свидетельствуют распоряжения, сделанные им в 974 и 975 гг. об урегулировании земельных отношений. Император предписывал возвращать государственных крестьян, бежавших к частным землевладельцам-динатам, но в то же время крестьянам, переселившимся на церковные земли, дозволялось остаться на новых местах. Одним из важных направлений деятельности Иоанна Цимисхия стала демонстрация личного благочестия и приверженности к союзу с церковью. После смерти патриарха Полиевкта в феврале 970 г. Иоанн Цимисхий созвал в Константинополе Собор епископов для управления делами церкви, но, тем не менее, сам предложил возвести на патриарший престол Василия I Скамандрита, что и было исполнено. Иоанн Цимисхий придерживался того же направления церковной политики, что и император Никифор Фока, который ввёл запрет на основание новых храмов и монастырей и одновременно поддерживал восстановление и обновление уже существовавших. Между 970 и 972 гг. Иоанн Цимисхий утвердил Типикон Великой Лавры на Святой Горе Афон по ходатайству Афанасия Афонского, который в 970 г. посещал Константинополь и встречался с императором. Типикон, известный под названием «Трагос», закрепляет права игумена в управлении общежительными монастырями на Афоне, в основном, повторяет хрисовулы, выданные афонской обители императором Никифором Фокой. В Константинополе Иоанн Цимисхий на свои средства перестроил купольный храм Христа Халкита при императорском дворце близ ворот Халки, ранее основанный императором Романом I Лакапином. Храм играл важную роль в архитектурном ансамбле центра Константинополя. В османскую эпоху он был известен как комплекс Арслан-хане, где располагались султанский зверинец и квартиры придворных художников. Храм постепенно ветшал и был окончательно разрушен, после того как сильно пострадал в пожаре в 1802 г.