В конце 1980 гг. возродилось уничтоженное в первые годы советской власти духовное образование на Кубани. Началось открытие церковноприходских школ, первыми стали школы при Свято-Екатерининском кафедральном соборе Краснодара (1989 г.), при Вознесенском храме в станице Пластуновской (1990 г.) и при Успенском храме Новороссийска (1992 г.). В настоящее время церковноприходские школы действуют почти при каждом храме епархии. В 2002 г. при краснодарском храме Рождества Христова были организованы годичные епархиальные курсы псаломщиков. 19 июля 2006 г. постановлением Священного Синода в столице Кубани была учреждена Екатеринодарская духовная семинария с пятилетним сроком обучения. Успешно функционируют православные общеобразовательные заведения: при храме Рождества Христова в Краснодаре, имени князя Александра Невского в городе Курганинске, школа «Фавор» в посёлке Мостовском, школа «Преображение» и гимназия в честь князя Александра Невского в Анапе, кадетский казачий корпус в Краснодаре. Существует высшее учебное заведение – Армавирский православно-социальный институт, имеющий факультеты: богословский, православной журналистики, юриспруденции, экономики. Епархиальный отдел религиозного образования и катехизации ведёт работу по организации преподавания в общеобразовательных школах основ православной культуры. При взаимодействии с департаментом образования и науки края отдел проводит конференции, семинары, курсы повышения квалификации учителей и многое другое. Подписано соглашение с факультетом истории, социологии и международных отношений Кубанского государственного университета об учебно-методической поддержке специальности «теология». С 1990 г. издаётся ежемесячная газета «Православный голос Кубани» – одно из первых епархиальных изданий в постсоветской России, почти в каждом номере печатается четырёхполосное приложение для детей и юношества «Подсолнушек». Ряд благочиний и монастырей также издаёт газеты (наиболее известные и многотиражные – «Исцелись верой», «За Русь Святую – Слово», «Православная Кубань»). Многие светские газеты, в том числе крупнейшие в крае – «Кубань сегодня» и «Вольная Кубань», содержат православные рубрики. На краевом телевидении епархия выпускает программу «Отчий дом», совместно с Государственным научно-творческим учреждением «Кубанский казачий хор» устраивает фестиваль православных фильмов. Между епархиальным управлением и департаментом образования и науки края подписан ряд соглашений о взаимодействии, созданы координационный совет, занимающийся проблемами преподавания основ православной культуры и кубановедения, духовный экспертный совет, осуществляющий экспертизу духовно-просветительных программ, учебной литературы. Самыми значительными совместными мероприятиями епархии и департамента образования и науки являются ежегодные Всекубанские духовно-образовательные Кирилло-Мефодиевские чтения в Краснодаре, проводимые с 1995 г. (в 2007 г. состоялись 13-е чтения), и проходящий в дни школьных весенних каникул во Всероссийском детском центре «Орлёнок» Благовещенский православно-педагогический форум.