Поэтому Тамбовский епископ Пахомий (Симанский) при поставлении Ефрема рекомендовал ему и инокам хранить общежительный устав иеросхимонаха Иоанна «как зеницу ока», «а ежели первоначальника вашего устав положите в презрение и будете его разрушать и оставлять, то может воспоследовать вам бесславие, бесчестие, оскудение всяких потребностей». Ефрем «поставил обитель Саровскую на степень высокого внутреннего и внешнего благоустройства». По его инициативе активизировалось каменное строительство, возведены Успенский собор (1770–1777 гг.), братские келии и трапезная. Как опытный наставник Ефрем стал известен во многих епархиях, в 1760–1770 гг. переписывался с Тихоном Задонским, был наставником Феодора (Ушакова). Авторитет пустыни возрастал, с 1730 гг. до 1765 г. число братии увеличилось вдвое. Особое внимание Ефрем уделял уставной жизни братии. По его благословению в обители был введён обычай ежегодного прочитывания за трапезой устава иеросхимонаха Иоанна; в 1765 г. на специально изготовленной копии «Общежительного правила Саровской пустыни» каждый монах (и каждый послушник) поставил свою подпись. Согласно неопубликованным материалам иеромонаха Авеля (Ванюкова), Ефрем, учредив в пустыни «вечное поминовение по усопших ея благодетелях, отцах и братьях и всех тех, коих имена вписаны в заведённый для поминовения книги», «сам приходил к ранней литургии читать синодик на проскомидии и часто говорил: “Совершение литургии за усопших так важно, сила поминовения так велика, польза от него умершим, если это бывает с верою и усердием, так несомненна, что от посредства их зависит весь успех, вся отрада, всё спасение усопших”». В 1774 г. во время восстания Емельяна Пугачёва, отряд его сторонника Петра Евстафьева занял оставленный воеводами город Темников. Приближение пугачёвцев обеспокоило братию, т.к. среди окрестных крестьян были и сторонники повстанцев, готовые разграбить пустынь. По благословению Ефрема в начале августа 1774 г. наиболее ценные предметы ризницы были вывезены на подворье в Арзамас и в приписной Высокогорский Вознесенский монастырь Ардатовского уезда; большая часть братии (более 60 человек) также переехали в Арзамас, несколько монахов укрылись в лесных кордонах. В пустыни остались лишь 80-летний Ефрем и несколько престарелых насельников. Повстанцы разграбили находившийся близ Темникова винный завод, но в монастырь не зашли. 15 августа того же года братия вернулась в пустынь. Во время голода 1775 г. Ефрем распорядился в соответствии с монастырским уставом кормить всех приходивших за помощью. Ежедневно по несколько сот человек находили в пустыни спасение от голодной смерти.