После исполнения последнего пророчества и захвата Нисибина персами (363 г.) шаханшах Шапур II пожелал увидеть чудотворца и принял его с большим почётом. Зороастрийские маги попытались навязать Евгению религиозный спор. Он предложил им испытание огнём, которое они не выдержали. Евгений исцелил от беснования одного из сыновей Шапура, в результате чего правитель даже решил прекратить гонения на христиан. Воспользовавшись расположением шаханшаха, Евгений попросил разрешить строить монастыри в области Бет-Хузайе (в Хузестане, на юго-западе Ирана). Шапур согласился и снабдил учеников Евгения охранительными грамотами, а монастырю на горе Изла пожертвовал деревню с мельницей. Тогда ученики Евгения, поимённо названные в Житии, испросив благословение у своего духовного отца, разошлись, чтобы возводить новые обители. В их числе были две сестры Евгения – Фёкла и Стратоника. Вскоре после этого Евгений мирно скончался и был погребён под престолом храма в своём монастыре. В XVIII в. Иосиф Симон Ассемани пытался отождествить Евгения с Аоном, упоминаемым в «Церковной истории» Созомена (V в.) в числе положивших начало монашеству в Сирии, однако эта гипотеза, первоначально принятая в науке, впоследствии была признана несостоятельной. На рубеже XIX и XX вв. некоторые учёные принимали (Уоллис Бадж, Поль Рубенс Дюваль), другие отрицали (Рудольф Георг Герман Вестфаль) достоверность сказания о Евгении. Первое значительное историко-литературное исследование Жития было осуществлено Ж. Лабуром, который подверг сомнению деятельность Евгения в IV в. на том основании, что о нём нет упоминаний ни у Федорита Кирского (V в.) и Созомена, сообщавших ценные сведения о монашестве в Месопотамии, ни в деяниях несторианских Соборов V–VII вв., ни в монастырских правилах VI в.; о Евгении ничего не пишет Фома Магрский в «Истории монахов» (IX в.); Бабай Великий в трактате «О единении» именует «отцом монахов» Авраама Кашкарского (ум. в 588 г.). Однако в поздних несторианских сочинениях Евгения называют основателем монашества в Персии. Ж. Лабур объясняет это тем, что Евгений, вероятно, был основателем или эпонимом яковитского монастыря в Тур-Абдине (к северу от Нисибина), где о нём сложилась легенда. Впоследствии монастырь был покинут монофизитами; между 750 и 800 гг. его заняли несториане (материальную поддержку обители оказывал её бывший игумен Рузбихан, митрополит Нисибина). Они заимствовали легенду и дали ей столь широкое распространение, что большинство монастырей на севере, а позднее и на юге Месопотамии пожелали вести своё происхождение от учеников Евгения, и таким образом, статус «начальника монахов» в Персии утвердился за Евгением к началу XI в. Выводы Ж. Лабура разделял Артур Выыбус. Данная гипотеза встретила ряд возражений П. Петерса, который датировал окончательный вариант легенды концом IX в., а первоначальную редакцию отнёс к циклу Иакова Нисибинского (в армянских деяниях Иакова и Милия Евгений фигурирует как Маругэ). П. Петерс считал, что Ишоднах мог заимствовать повествование о Евгении из сборника сказаний о монахах «Рай восточных» Иосифа Хаззаи (не сохранился; по мнению П. Петерса – VII в., современная датировка – VIII в.).