Эти переговоры вёл как византийский император Алексей I Комнин, так и Киевский князь Всеволод. Таким образом, участие Ефрема во внешнеполитической деятельности князя Всеволода Ярославича придаёт определённую вероятность предположению архимандрита Леонида (Кавелина), что именно Ефрему принадлежит авторство древнерусской Похвалы святителю Николаю и Слова (Поучения, Памяти) на перенесение его мощей из Мир Ликийских в Бари (последнее создано в 1090–1093 гг.), связанных с установлением в Русской церкви «латинской» памяти Николая 9 мая, а также с появлением соответствующей службы праздника. Архимандрит Леонид атрибутировал Ефрему также и другие древнерусские тексты «никольского» круга, датируемые рубежом XI и XII вв.: Житие святителя Николая с рядом чудес, часть которых была, как и Житие, очевидно, переведена с греческого (хотя они известны исследователям только в славянских списках), а некоторые созданы на Руси («Об утопшем детищи», «О половчине»); однако этот вопрос нуждается в дополнительном исследовании. Последнее упоминание Ефрема относится к 1091 г., когда он вместе с несколькими архиереями участвовал в обретении мощей преподобного Феодосия и перенесении их в Успенский собор Печерского монастыря. В 1101 г. Ефрема уже не было в живых, т.к. кафедральный собор, заложенный в том году в Смоленске князем Владимиром Мономахом, стоял на холме, дарованном князем епископу Симеону, в котором исследователи видят только переяславского архиерея. Если принимать упомянутое выше сообщение о построении Ефремом каменной соборной церкви в Суздале, то дату его кончины исследователи отодвигают ближе к 1100 г., поскольку гибель старого деревянного собора датируют зимой 1096/1097 г., когда Суздаль был сожжён Черниговским князем Олегом (Михаилом) Святославичем, однако проблематичность посылки ставит под вопрос эту точку зрения. Исследователи считают вполне вероятным, что сохранившаяся в единственном экземпляре свинцовая печать с изображением архангела на одной стороне и греческой надписью «Господи, помози Ефрему, протопроэдру и митрополиту Росии» – на другой стороне принадлежит не киевскому митрополиту Ефрему (1054/1055 – 1061/1062), а этому Ефрему, т.к. титул «протопроэдр» более уместен во второй половине, чем в середине XI в. (если верно авторитетное мнение В. Лорана, что он является сокращённым вариантом титула «протопроэдр протосинкеллов»). Глосса в Лаврентьевском списке «Повести временных лет…», попавшая сюда, как полагают исследователи, из переяславского или ростовского летописания, сохранила крайне редкое для древнерусской письменности указание на внешний облик Ефрема: «Бе скопець высок телом». В издании Киево-Печерского патерика 1661 г. говорится, что Ефрем был погребён в кафедральной церкви архистратига Михаила в Переяславле. В «Тератургиме» Афанасия Кальнофойского 638 г., а также на планах Киево-Печерского монастыря 1661–1678 и 1703 гг. отмечено, что мощи Ефрема находятся в северо-западной части Ближних пещер. С 1744 г. останки Ефрема покоятся в Ближних пещерах Киево-Печерской лавры на правом клиросе Введенской церкви.