Книга «Неделя в Патриархии» была неоднозначно встречена русской эмиграцией за положительный в целом отзыв о положении церкви в СССР после принятия «Декларации» 1927 г. митрополита Сергия и предоставления РПЦ легального статуса. По словам Елевферия, «на Родине совершается великое дело Божие, духовный рост нашей Церкви среди почти безнадёжных условий». При этом у него не было сомнений в отношении правящего в СССР режима: «Безбожная власть уже по самому существу своему не может быть равнодушной, лояльной к Церкви Христовой, видя в Ней всегдашнего непримиримого врага себе». 10 июня 1930 г. митрополит Сергий и Временный Священный Синод издали указ об увольнении митрополита Евлогия (Георгиевского), управлявшего западноевропейскими приходами РПЦ, и о временной передаче дел епископу Владимиру (Тихоницкому). После отказа епископа Владимира принять это назначение 24 декабря 1930 г. Елевферий был назначен временно управляющим западноевропейскими приходами (управляющий – с 30 апреля 1931 г.). В 1931 г. Елевферий дважды посетил Париж, пытаясь вместе с епископом Вениамином (Федченковым) убедить митрополита Евлогия не подвергать церковь новому расколу. Однако митрополит Евлогий вместе с большинством западноевропейских приходов неканоническим образом перешёл в юрисдикцию Константинопольской патриархии, образовав в её составе Западноевропейский экзархат русских православных приходов. Верными Московской патриархии остались только организованный епископом Вениамином Трёхсвятительский приход в Париже и община протоиерея Григория Прозорова при Владимирской церкви в Берлине. Елевферий вёл письменную полемику с первоиерархом РПЦЗ митрополитом Антонием (Храповицким) в связи с указом Заместителя Патриаршего Местоблюстителя РПЦ митрополита Сергия от 22 июня 1934 г. о запрещении в священнослужении и предании архиерейскому суду архипастырей РПЦЗ. Он обосновывал с канонической точки зрения позицию митрополита Сергия и указывал на догматическую несостоятельность позиции митрополита Антония. Елевферий критиковал учёные труды митрополита Антония, указывая на наличие в его богословской теории ошибочного понимания первородного греха. В октябре 1939 г., после разгрома Польши Германией, Виленский край по советско-литовскому соглашению был передан Литве, благодаря чему стало возможным возвращение Елевферия на Вильнюсскую кафедру. 21 октября он утвердил постановление Литовского епархиального совета об упразднении в Вильнюсе органов церковного управления неканонично провозглашённой автокефальной Польской православной церкви и о порядке перехода православных приходов в юрисдикцию Московской патриархии. 2 ноября Елевферий прибыл в Вильнюс, вновь ставший кафедральным центром Литовской епархии. Был удостоен высшей государственной награды Литвы – ордена великого князя Гедиминаса первой степени (октябрь 1936 г.). Елевферия отпевал Дмитровский архиепископ Сергий (Воскресенский; впоследствии митрополит Литовский). Похоронен в вильнюсском Свято-Духовом монастыре.