Елевферий оказался вовлечён в процесс устроения высшего церковного управления православной церкви в Польше. 24 мая 1920 г. присутствовал на состоявшихся в Вильно переговорах управляющего Гродненской епархией Белостокского епископа Владимира (Тихоницкого) с представителями Министерства исповеданий и Отделения по национальностям и вероисповеданий Генерального комиссариата Восточных земель Польши. В результате переговоров было достигнуто соглашение, согласно которому Польское государство признавало за епископом Владимиром временные права на церковное управление православными приходами на территории Польши. Елевферий твёрдо поддерживал позицию епископа Владимира по сохранению канонических связей с Московской патриархией. Это противоречило намерениям польских властей поставить православные епархии под свой контроль, отделить их от Русской церкви. 17 апреля 1921 г. епископ Владимир и Елевферий по поручению патриарха Тихона хиротонисали в виленском Свято-Духовом монастыре во епископа Бельского Сергия (Королёва), назначенного временным управляющим Холмской епархией. Хиротония не была согласована с польскими властями, и они отказались признать нового архиерея, разорвали контакты с епископом Владимиром. 28 июня 1921 г. патриархом Тихоном и Священным Синодом РПЦ Елевферий был возведён в сан архиепископа и утверждён правящим архиереем Виленской и Литовской епархии. С этого времени он возглавлял православных архиереев в Польше, выступавших за сохранение единства с РПЦ, что вызывало противодействие со стороны поддерживаемого польскими властями Минского и Туровского архиепископа Георгия (Ярошевского; с октября 1921 г. – Патриарший экзарх и управляющий Варшавской епархией, с января 1922 г. – митрополит Варшавский). В сентябре 1921 г. на состоявшейся в Гродно встрече с архиепископом Георгием Елевферий и епископ Владимир заявили о несогласии с его взглядами на неканоничное отделение православных епархий от РПЦ. 30 сентября в Вильно состоялось совещание Елевферия с епископами Владимиром и Сергием (Королёвым), на котором архиереи высказались за реорганизацию церковного управления с участием представителей православных приходов. 24 января 1922 г. под предлогом того, что официально город Вильно не являлся польской территорией, Елевферий не был допущен на первый Совет православных епископов в Польше, созванный архиепископом Георгием в Варшаве. На Совете предполагалось подписание «Временных правил» о взаимоотношениях православной церкви и Польского государства. Однако большинство православных епископов, несмотря на оказанное на них давление, отказались подписать этот документ. 12 марта Елевферий, епископы Владимир и Сергий послали патриарху Тихону доклад о январском Совете, охарактеризовав «Временные правила» как ставящие православную церковь в Польше под контроль польских властей и фактически вводящие её автокефалию. В марте 1922 г. Польша приняла официальные меры по включению в свой состав Виленского края. 29 марта правительство Литовской республики, также претендовавшей на Вильно, признало Елевферия главой православных Литвы.