После официального присоединения Вильно к Польскому государству Елевферий получил право принять участие в работе состоявшегося в конце мая 1922 г. в Почаевской в честь Успения Пресвятой Богородицы лавре второго Совета православных епископов в Польше, где обсуждалась ситуация, сложившаяся после ареста в Москве патриарха Тихона. Это обстоятельство могло служить основанием для организации в церковной области самостоятельного высшего церковного управления. Елевферий вместе с епископом Владимиром подали официальное заявление, в котором указали, что высшее церковное управление в Польше может быть организовано только Всепольским православным Собором, и призвали к его проведению, после чего покинули Совет. 14 июня 1922 г. в Варшаве был собран третий Совет православных епископов в Польше. Польские власти потребовали от православных архиереев решения о самостоятельности православной церкви в Польше на началах автокефалии. Елевферий и епископ Владимир сделали заявление, что меняющаяся ситуация вокруг патриарха Тихона в Москве не даёт оснований обсуждать такие крайние меры, как автокефалия, и вновь призвали к созыву Всепольского собора. После этого Елевферий вернулся в Вильно, а епископ Владимир не участвовал в голосовании. Совет высказался в пользу автокефалии, хотя и обусловил это получением согласия от глав православных поместных церквей, в том числе Московского патриарха. Было объявлено о переходе высшей церковной власти к Синоду православной церкви в Польше, состоявшему из митрополита Георгия (Ярошевского) и его сторонников. 27 июля Елевферий созвал в Вильно епархиальный съезд духовенства и мирян. В работе съезда приняли участие представители Гродненской епархии, также в Вильно находился и епископ Владимир. Съезд осудил попытки Варшавского митрополита и других иерархов православной церкви в Польше отделиться от Матери-Церкви неканоничным путём и призвал созвать для решения всех вопросов устройства церковного управления в Польше областной церковный собор, «доколе же этот Собор не состоится... воздержаться от всяких распоряжений, связанных с провозглашением автокефалии». 15 июля аналогичную резолюцию принял и епархиальный съезд в Гродно. 6 сентября 1922 г. Синод православной церкви в Польше издал указ, объявляющий деятельность Елевферия «вредной и угрожающей Церкви смутой». Решением Синода Елевферий был уволен от управления Литовской и Виленской епархией в пределах Польши, было указано считать его «архиепископом Литовским только в пределах Ковенской Литвы». В ночь на 14 октября, после всенощной службы в виленском Свято-Духовом монастыре, Елевферий был арестован польскими властями и доставлен в католический камальдульский монастырь около Кракова. В начале февраля 1923 г., после протестов правительства Литвы, поддержанных Лигой Наций, Елевферий был освобождён и выслан из Польши. 6 февраля он прибыл в Каунас – временную столицу Литовской республики. Вместо Виленской и Литовской епархии в православной церкви в Польше была учреждена Виленская и Лидская епархия. Назначенный туда правящим архиереем епископ Феодосий (Феодосиев), осознавая незаконность удаления Елевферия с кафедры, обратился к нему с извинительным письмом. В ответ Елевферий сообщил, что не отказывается ни от своей паствы, ни от Виленской кафедры. Прихожане, оставшиеся верными Елевферию и Московской патриархии, образовали в Вильно Екатерининскую патриаршую общину во главе с протоиереем Лукой Голодом.