Вслед за Евфимием II изображён Новгородский архиепископ Иона. К композиции избранных святых относится также упомянутая в описях Софийского собора икона на одном из восточных столпов (вторым по счёту описи): «...Образ святителей Нифонта, Евфимия, Моисея и Ионы Новгородских, писан на краски» (опись 1749 г.). Над фигурами святых располагалось изображение новгородского палладиума – образа Божьей Матери «Знамение», что продолжает древнюю новгородскую традицию. Подобную композицию воспроизводит пелена середины XVII в., вложенная Дмитрием Андреевичем Строгановым в Хутынский монастырь (Новгородский музей), на которой Евфимий II изображён вместе со святителями Иоанном, Никитой и Ионой и Варлаамом Хутынским. Евфимий II представлен с раздвоенной на конце, сужающейся бородой, в белом клобуке и полном облачении, двумя руками держит перед грудью Евангелие. В местном ряду иконостаса собора Святой Софии в Великом Новгороде над южными дверями находится икона середины XVII в. (под записью XIX в.), где он представлен в верхнем регистре в числе восьми Новгородских святых. Вместе со святителями Нифонтом и Ионой Новгородскими Евфимий II (в рост, с поднятой вверх благословляющей десницей и Евангелием в левой руке), как предполагают исследователи, изображён на прориси с иконы XVII в., фрагменте большой композиции (Русский музей). С середины XVII в. образ Евфимия II включается в разнообразные композиции молящихся за Новгород святых. Так, он представлен вместе с Николаем Чудотворцем на иконе, относящейся к числу раздаточных для паломников, приходивших в Вяжищский монастырь (XVII в., Русский музей). Его образ в молении представлен в ряду Новгородских святителей возле Новгородского Кремля на омофоре середины XVII в. (исследователи полагают, что принадлежал патриарху Никону (Минову); Новгородский музей). Градозащитной семантикой объясняется присутствие Евфимия II среди других св. покровителей Новгорода на раме иконы Божьей Матери «Знамение» с подробным изображением города (начало XVIII в., Новгородский музей). К образцам поздней иконописи принадлежит икона «Избранные Новгородские святители Моисей, Иоанн, Иона и Евфимий и праведный Иаков Боровичский» конца XIX в. с врезным крестом-мощевиком начало XVIII в. (частное собрание). Выдающимся произведением, составившим новый этап в иконографии Евфимия II, стала икона-складень, выполненная в 1654 г. для Вяжищского монастыря по заказу его постриженика митрополита Казанского Лаврентия (Новгородский музей). Икона в богатом чеканном окладе была создана по архиерейскому заказу, как полагают исследователи, в московской иконописной мастерской. На верхнем и нижнем полях – медальоны с резными изображениями Софии Премудрости Божьей, с полуфигурами апостола Иоанна Богослова и Николая Чудотворца (вверху), преподобных Антония Римлянина, Евфимия и Арсения (внизу); на боковых полях – прямоугольные накладки с резными фигурами святителя Льва и архидиакона священномученика Лаврентия.