Духовный авторитет Евагрия Понтийского в конце жизни был очень велик, а его имя стало прочно ассоциироваться с именем и учением Оригена только в VI в., во время второй стадии оригенистских споров (около 514–553 гг.). Так, преподобный Варсонофий Великий признаёт, что в сочинениях Евагрия Понтийского (в частности, в «Умозрительных главах», цитаты из которых у него встречаются) есть следы заблуждений Оригена, но, по его мнению, их, тем не менее, можно читать для духовной пользы, отделяя пшеницу от плевел. Евагрий Схоластик сообщает, что Иерусалимский патриарх Евстохий отправил посольство к императору Юстиниану I Великому для осуждения учения Оригена, Дидима и Евагрия Понтийского. Кирилл Скифопольский, описывая появление монахов-оригенистов во главе с Нонном в Новой лавре, упоминает, что они придерживались «баснословия Оригена, Дидима и Евагрия о предсуществовании (душ)». Он также связывает учение исохристов о том, что при апокатастасисе люди станут равными Христу, и что воскресшие тела будут эфирными и сферическими, с нечестивыми учениями Пифагора, Платона, Оригена, Дидима и Евагрия Понтийского. Более того, он сообщает, что на Пятом Вселенском соборе вместе с Оригеном и Мопсуестийским епископом Феодором были анафематствованы мнения Евагрия Понтийского и Дидима о предсуществовании душ и апокатастасисе, что подтверждает также и Евагрий Схоластик. Однако имя Евагрия Понтийского в соборных документах не упоминается; оно стало прочно ассоциироваться с именем Оригена и Дидима Слепца гораздо позже. В 18-м правиле Латеранского собора 649 г. его имя впервые вместе с именами Оригена и Дидима было включено в список еретиков, чьи заблуждения были осуждены предшествующими пятью Вселенскими соборами и анафемы против которых были подтверждены этим Собором. Шестым Вселенским собором 680–681 гг. также было подтверждено произнесённое Пятым Вселенским собором осуждение Оригена, Дидима и Евагрия Понтийского. Это же осуждение было подтверждено Трулльским собором 692 г., Седьмой Вселенский собор 787 г. также подтвердил решения предыдущих Соборов. Осуждение Евагрия Понтийского подтверждают церковные писатели и историки VII–IX вв.: Иоанн Мосх, Иерусалимский патриарх Софроний I, Анастасий Синаит, анонимный автор Пасхальной хроники, Константинопольские патриархи Тарасий, Никифор, Фотий, историки Феофан Исповедник и Георгий Амартол и др. (все свидетельства указывают на то, что осуждение Евагрия Понтийского вынес именно Пятый Вселенский собор). Подтверждением этому может служить также тот факт, что вместо десяти анафематизмов против Оригена, составленных императором Юстинианом и принятых ранее на Поместном Константинопольском соборе 543 г., этим Собором были составлены другие пятнадцать анафематизмов. В них встречается множество догматических параллелей и буквальных цитат из трактата Евагрия Понтийского «Умозрительные главы», который, как предполагают исследователи, был основным источником при составлении анафематизмов. Осуждение личности и ошибочных взглядов Евагрия Понтийского Вселенскими соборами радикальным образом повлияло на посмертную судьбу его сочинений, большая часть которых либо подверглась уничтожению, либо сохранилась под именами других авторов. Однако, несмотря на то, что его авторитет как богослова сильно упал, влияние аскетического и мистического богословия Евагрия Понтийского как на Востоке, так и на Западе оставалось значительным. Он был основоположником того направления в восточнохристианском аскетизме, к которому в той или иной степени принадлежали преподобные Иоанн Лествичник, Максим Исповедник, Исихий Синаит, Филофей Синайский, Симеон Новый Богослов, Никита Стифат, Григорий Синаит и позднейшие исихасты. Со временем учение Евагрия Понтийского об аскетическом делании и созерцании стало классическим. Его влияние заметно уже среди греческих аскетических писателей V в.: Исидора Пелусиота, Диадоха Фотикийского, Нила Анкирского и Марка Пустынника (Подвижника).