Со смертью Петра I в январе 1725 г. работа над изданием была приостановлена. Преемница Петра, императрица Екатерина I, в ноябре 1725 г. издала указ о продолжении издания Библии, но предварительно было предписано: «Однако ж прежде… оную разсмотреть в Святейшем Синоде обще с теми, которые её выправливали, и согласить с древними Греческими Библиями нашей Церкви, дабы впредь какого несогласия и в переводе какого погрешения… не сыскалось». Синод поручил это вновь выполнить епископу Феофилакту (Лопатинскому). Исследователи считают, что это был лишь формальный повод затягивания работы над изданием Библии вследствие борьбы между двумя церковными партиями, в ходе которой Феофан (Прокопович) тормозил дело своего идейного противника Стефана (Яворского). В 1735 г. архиепископ Феофан (Прокопович) представил в Синоде отчёт о проделанной архиепископом Феофилактом (Лопатинским) работе по подготовке к изданию ранее выверенного перевода и добился решения о перепроверке исправленного им текста. Работы были перенесены в Санкт-Петербург и в 1736 г. поручены переводчику Синода Василию Тимофеевичу Козловскому с помощниками под общим руководством архимандрита Александро-Невского монастыря Стефана (Калиновского). Было принято решение напечатать существующий перевод, а примечаниями в нижнем поле дать сделанные исправления, сверку было указано сделать с «Септуагинтой» и оставить только чтения, совпадающие с ней, а в сомнительных случаях – с Масоретским текстом. К 1738 г. архимандрит Стефан (Яворский) в ходе работы столкнулся с проблемой выбора для сверки греческих рукописей из имевшихся у него. Также он обратился в Синод со следующим донесением: «Книга Товии вся правлена с латинского текста, понеже с латинского и сначала переведена была… и не токмо она, но и другие книги имеются, которые как переведены, так и правлены с Вульгаты, а некоторых и совсем нет в греческом тексте 70. И о сем Святейший Правительствующий Синод что соблаговолит?». Синод не дал ответа на это и последующее его обширное донесение, и работы по изданию Библии были приостановлены. Став псковским епископом, Стефан (Яворский) 26 января 1740 г. обратился в Синод с предложением печатать текст в два столбца, в одном – старый, в другом – исправленный текст, а все ветхозаветные книги, переведённые с латыни, исправить по греческим рукописям. Синод одобрил это предложение, и в сентябре 1740 г. его утвердила императрица Елизавета Петровна. Синод возложил эту работу на архимандрита Фаддея (Кокуйловича) и префекта Славяно-греко-латинской академии иеромонаха Кирилла (Флоринского). В сентябре 1742 г. они представили в Синод набело переписанный исправленный перевод и отчёт о своей работе. Из него следует, что они сверили новый перевод Библии с греческими кодексами, руководствуясь главным образом «Александрийским кодексом» (из издания «Лондонской Полиглотты»), считая, что древний славянский перевод был сделан именно с него. Также в редких случаях они использовали Сикстинское издание Септуагинты и «Ватиканский кодекс».