Среди рукописных книг Елеазарова монастыря упомянуто несколько Евангелий, в том числе напрестольное апракос в сребропозлащённом окладе басменного тиснения, богато украшенном жемчугом, хрусталём, яхонтом и проч., три толковые Псалтири, три книги Номоканона, две Палеи, Стихараль, Ирмологии, Минеи, Служебники, Прологи, Жития св. Андрея Юродивого, Иоанна Златоуста, «Житие Григория Омиритского и Прение с Герваном-еретиком», «Житие и мучение святых жён», «Житие трёх святителей», несколько Печерских патериков, Скитский патерик, «Христианская топография» Космы Индикоплова, книги «Панагирик, в начале Как Адам создан бысть», «Плен Иерусалимский», «Златоструй», «Маргарит», книги Григория Богослова («одна на бумаге, а другая на хоратье»), Василия Великого, Кирилла Иерусалимского, Ефрема Сирина, Исаака Сирина, Максима Исповедника, Феодора Студита и др. В Российской государственной библиотеке сохранились списки «Слов постнических» Исаака Сирина, «Слово постническое» Максима Исповедника, «Слово о Христе и антихристе» Ипполита Римского и послание к епископу Кириаку Иоанна Златоуста, переписанные в 1470 г. в Елеазаровом монастыре «по повелению старца Евфросина» иноком Игнатием (Российская государственная библиотека). В собрании Псковского музея-заповедника находятся хранившиеся в Елеазаровом монастыре рукописные книги: Минея служебная, январь (первая четверть XVI в.; десять листов, полуустав), Синодик Спасо-Великопустынского монастыря (первая половина XVIII в.; 37 листов; полуустав и скоропись), Триодь (XVIII в.; полуустав), Часовник (XVIII в.; 298 листов; полуустав), а также печатное Евангелие Толковое (М., 1698 г.), согласно надписи вложенное в Елеазаров монастырь в 1705 г. подьячим Гурием Дерковым. Сохранилось также несколько выписей из писцовых книг 1630–1680 гг. (Псковский музей). Со времени основания до 1805 г. Елеазаровым монастырём управлялся игуменами. Н.И. Серебрянский упоминает два синодика Елеазарова монастыря (конец XVI – начало XVII вв. и другой  – 1653 г.), в которых приведён список имен первых настоятелей обители, как полагают исследователи, неполный: Игнатий, Харалампий, Памфил, Нифонт, Геронтий, Иосиф, схимонах Савватий, Корнилий, Сильвестр, Авраамий, Евфимий. Согласно духовной грамоте Евфросина, выбор следующего игумена после Харалампия предоставлялся жребию («а кого Бог изберёт») из кандидатов, благословленных. С XVI в. порядок поставления игуменов изменился. После лишения Пскова самостоятельности и присоединения его к Москве в 1510 г. игумен уже не избирался братией, а назначался государем.