К началу XVII в. численность диссентеров возросла до 100 тыс. человек, а их деятельность стала приобретать политический характер. С самого начала диссентеры подвергались постоянным и жестоким преследованиям со стороны светских и церковных властей. В условиях преследований правительствами Елизаветы (1558–1603 гг.; в том числе архиепископом Паркером и Высокой комиссией 1583 г.) и Карла I (1625–1649 гг.) часть диссентеров переселилась в Нидерланды и Северную Америку, где были основаны пуританские колонии. В республиканский период (1649–1661 гг.) негосударственные церкви пережили краткий расцвет; к этому времени относится деятельность такого крупнейшего теолога, как Джон Оуэн (1616–1683 гг.). Особенно жестокими гонения на диссентеров стали после реставрации монархии в Англии и восстановления епископальной системы в 1661 г., когда рядом государственных актов диссентеры были поставлены вне закона. Около 2 тыс. нонконформистских священнослужителей были смещены (в 1665 г. так называемым «Пятимильным актом» им запретили всякое общение с бывшей паствой). Всем подданным (кроме англикан и католиков) запрещалась военная и государственная служба (этот запрет, так называемый «Испытательный акт», сохранялся до 1828 г.), участие в городском самоуправлении. Приходы и даже собрания по домам были распущены «Актом о тайных собраниях» (1664 г.), ряд проповедников, в том числе такие известные, как Ричард Бакстер (1615–1692 гг.), Джон Баньян (1628–1688 гг.) и Джозеф Аллейн, попали в тюрьмы. Гонения на диссентеров были смягчены при принце Вильгельме III Оранском (1650–1702 гг.), после принятия «Акта о веротерпимости» (1689 г.), сохранившего, впрочем, все ограничения для деятельности католиков, иудеев и атеистов. Тогда были разрешены все диссентерские общины, кроме унитариев, а также дозволена баптистская практика крещения только взрослых. К 1700 г. в Англии было зарегистрировано около 2500 негосударственных церквей, возникли диссентерские высшие учебные заведения (однако в некоторые университеты диссентеров не принимали), начался расцвет гимнографии (А. Уоттс). Положение диссентеров постепенно улучшалось, особенно после появления в 1732 г. группы их депутатов в парламенте, близкой к партии вигов.