Последний номер журнала вышел в конце 1918 г. 2 марта 1919 г. Правление Московской духовной академии приняло постановление о прекращении «Богословского вестника» в связи с невозможностью продолжать его издание. В 1993 г. было возобновлено издание «Богословского вестника» при Московской духовной академии как сборника научных трудов. Первым редактором сборника стал профессор Московской духовной академии Алексей Ильич Осипов (1993–1996 гг.), затем редактором «Богословского вестника» был доцент Московской духовной академии Николай Константинович Гаврюшин (1998–2002 гг.), с 30 августа 2002 г. – архиепископ Верейский Евгений (Решетников). В № 1, который открывался Обращением к читателям Патриарха Московского и всея Руси Алексия II, рассматривались задачи академического богословия и возрождённого «Богословского вестника», основная тематика и содержание «Прибавлений к творениям святых отцов» (1843–1891 гг.) и «Богословского вестника» (1891–1918 гг.), христианское понимание смерти и обожения. В сборнике также были помещены две публикации: отрывок из записок митрополита Вениамина (Федченкова) и Определения и постановления Поместного Собора РПЦ 1917–1918 гг. Выпущенный в 1996 г. № 2 был юбилейным (Московские духовная академия и семинария в 1996 г.  отмечали 50-летие своего возрождения) и, в основном, содержал обзоры истории Московской духовной академии. В 1998 г. вышел очередной том (Выпуск 1), в котором представлены статьи по богословию, церковной истории, русской религиозной философии. Во втором выпуске за 1998 г. опубликованы статьи, в которых исследовались история «Богословского вестника» в дореволюционные годы, синодальное издание русского перевода Библии, значение и место науки в системе академического богословия, проблемы русской агиографии; опубликованы материалы к биографиям профессоров и преподавателей Московской духовной академии. В 2000 г. вышел третий выпуск сборника, в котором помещены воспоминания профессора Московской духовной академии Константина Ефимовича Скурата, статьи по истории культурных связей Сербии и России, миссионерской деятельности церкви на территории Марийского края, о времени и месте крещения равноапостольного князя Владимира и киевлян, статьи о западном «традиционализме» и т.д. Среди авторов «Богословского вестника» (1993–2000 гг.) – преподаватели и студенты Московской духовной академии, церковные и светские учёные, в том числе архимандрит Платон (Игумнов), архимандрит Давид (Кораблёв), игумен (впоследствии епископ) Георгий (Данилов), игумен Никон (Смирнов), священник Афанасий Гумеров, протодиакон Сергий Голубцов, Н.К. Гаврюшин, М.М. Дунаев, А.Б. Зубов, А.И. Осипов и др.