Важный вклад в формирование библейской географии как специализированной дисциплины сделал А. Альт, который положил в основу строгого историко-географического исследования метод реконструкции «истории территории», т.е. восстановления географии на основе анализа сведений, сообщаемых Библией, и данных археологии. Школа А. Альта исходила из гипотезы сохранения устойчивых территориальных единств на протяжении многих исторических периодов. Слабым местом его метода исследования, по мнению критиков, было стремление отделить историю территорий от литературного анализа Священного Писания, учитывающего технику и закономерности сохранения и передачи библейского предания и позволяющего оценить достоверность описаний в Библии. Иной подход у З. Каллаи и его коллег, которые изучают перечисления местностей в Библии как сложные сочинения, имеющие и достоверные, и недостоверные части. Стало общепринятым критическое отношение к фактам археологии (особенно в их трактовке У.Ф. Олбрайтом) как к материалу для реконструкции библейской географии. Полезным источником для исторической географии, особенно во второй половине XX в., стали данные эпиграфики, подтвердившие самые известные названия, которые были определены на основе арабской топонимики (Арад, Бет-Шеан, Дивон, Гезер и Гибеон); только Лахиш идентифицирован благодаря находке надписей археологами и не имеет арабского эквивалента. Важными проблемами библейской географии являются географическая верификация процесса завоевания Ханаана и изучение этноадминистративных границ расселения колен Израилевых. Основным библейским источником для решения этих проблем является Книга Иисуса Навина. Уже в работах А. Альта и М. Нота проводилось деление её текстов на повествовательные (которые рассматривались преимущественно как легендарные) и документальные (отражающие влияние административных архивов и поэтому более достоверные). В настоящее время этот подход последовательно проводит З. Каллаи, который считает, что повествовательная часть книги отражает представление о географии страны схематично, суммарно, какой она сложилась в ходе войн и заселения земель в конце бронзового – начале железного века. В документальной части описания границ и перечисления городов отражают реальную систему владения землями, которая воспринималась авторами как осуществление завета. З. Каллаи делает вывод, что это схематически воспроизведённая действительность эпохи Единого царства, экстраполированная на более ранний период. Ориентация на топонимический анализ и установление связи современных арабских названий с упомянутыми в Библии еврейскими была абсолютизирована в разработках У.Ф. Олбрайта и его школы во второй трети ХХ в., на их гипотезах основаны многие современные пособия по библейской географии. Если учёные XIX в. имели в распоряжении топонимику и данные поверхностных разведок, то в первой половине ХХ в. к этому добавилась керамическая стратиграфия, позволившая датировать уровни обживания памятников. Однако увеличение археологических данных зачастую приводило к тому, что падала обоснованность идентификаций библейских мест.