Однако как блестящий полемист и оратор он остался одним из самых видных деятелей антиохийской школы богословия: в частности, он установил правила пределов раскрытия буквального и архетипического смыслов при толковании священных текстов, абсолютно отверг допустимость иносказательной аллегории, стал использовать метод герменевтического различия текста и контекста (герменевтика – объяснение, изложение, толкование). Хотя своими догматическими заблуждениями он и навлек на себя осуждение со стороны церкви, но как полемист против ариан, евномиан, аполлинариан и оригенистов он имеет важные заслуги. Руководством к отысканию буквального смысла для него служат история, грамматика, текст и контекст. Несториане почитали его как преимущественно своего «экзегета» и подвергали анафеме всякого, кто не признавал его авторитета. Его брат Полихроний (получивший подобное же образование и с 410 по 430 гг. бывший епископом Апамейским на Оронте) и его ученик Феодорит (с 438 г. – епископ Киррский в Сирии) избежали его крайностей и своей преданностью вере, благочестием и методом примыкали к Златоусту. Они написали дельные комментарии, которые одинаково чужды крайностей как исключительно аллегорического, так и исключительно исторического истолкования Священного Писания. Исидор Пелусиот, пустынник и настоятель отшельников у Пелусия в Египте (умер в 434 г.), делал извлечения из творений Иоанна Златоуста и в своих многочисленных письмах свел герменевтические принципы школы к определенной форме (как компилятор он уже свидетельствует о начавшемся упадке школы). Однако своим упадком она была обязана преимущественно Несторию, с 428 г. патриарху Константинопольскому (умер в 440 г.), который, как ученик Феодора Мопсуестийского, будучи более оратором, чем экзегетом, формально преподавал и твердо настаивал на учении о двух ипостасях во Христе, так что Эфессий собор 431 г. подверг его анафеме как еретика. Его приверженцы, не имея себе защиты в греко-римской империи, бежали в провинции персидской империи, где несторианство по политическим причинам пользовалось благоволением. Знаменитая школа для образования персидских христиан и священников в Эдессе в Месопотамии с 431 г. находилась под руководством несторианских учителей. Когда эта школа после разных превратностей в 489 г. была разрушена императором Зеноном, то центром распространения несторианства в Персии сделалась Низибия. Эта школа обнаружила богатую литературную деятельность, систематизируя догматическое учение и библейские принципы, и процветала до позднейшего периода Средних веков. В третий период, который начался в конце V в., намечается упадок антиохийской школы богословия. Многие «антиохийцы» этого времени хотя и были учениками Иоанна Златоуста (Марк, Нил, Виктор, Иоанн Кассиан Римлянин, Прокл (патриарх Константинопольский) и др.), но уступали прежним в самобытности и глубине. Так, систематизатор богословского наследия антиохийской школы периода подъема Исидор Пелусиот делал уже обширные компиляции творений Иоанна Златоуста. Кассиан, посвященный Златоустом около 400 г. в сан диакона, писал на латыни. Благодаря его трудам достижения антиохийской экзегетики и аскетики стали известны западным Отцам церкви, в том числе Аврелию Августину (Августину Блаженному).