Святейший Патриарх Алексий II являлся председателем Патриаршей Синодальной Библейской комиссии, главным редактором «Православной энциклопедии» и председателем Наблюдательного и Церковно-научного советов по изданию «Православной энциклопедии», председателем Попечительского совета Российского благотворительного фонда примирения и согласия, возглавлял Попечительский совет Национального военного фонда. Святейший Патриарх Алексий II возглавлял Арихиерейские соборы 1992, 1994, 1997, 2000 и 2004 гг., неизменно председательствует на заседаниях Священного синода. Как Патриарх Всероссийский он посетил 81 епархию, многие по несколько раз – всего более 120 поездок в епархии, целями которых, прежде всего, являлись пастырское попечение об отдаленных общинах, укрепление церковного единства и свидетельства Церкви в обществе. За время архиерейского служения Святейший Патриарх Алексий II возглавил 84 архиерейских хиротонии (из них 71 после избрания на Всероссийскую кафедру), рукоположил в священный сан более 400 иереев и почти столько же диаконов. По благословению Его Святейшества открывались Духовные семинарии, духовные училища, церковноприходские школы; создавались структуры для развития религиозного образования и катехизации. Его Святейшество уделял большое внимание установлению в России новых взаимоотношений между государством и церковью. При этом он убежденно придерживался принципа разделения между миссией церкви и функциями государства, невмешательства во внутренние дела друг друга. В то же время он считал, что душеспасительное служение церкви и служение государства обществу требуют обоюдно свободного взаимодействия между церковными, государственными и общественными институтами. Святейший Патриарх Алексий II призывал к тесному сотрудничеству между представителями всех областей светской и церковной культуры. Он постоянно напоминал о необходимости возрождения нравственности и духовной культуры, преодоления искусственных преград между светской и религиозной культурой, светской наукой и религией. Ряд подписанных Его Святейшеством совместных документов заложил основы для развития сотрудничества церкви с системами здравоохранения и социального обеспечения, Вооруженными Силами, правоохранительными учреждениями, органами юстиции, учреждениями культуры и другими государственными структурами.  По благословению Святейшего Патриарха Алексия II создана система окормления военнослужащих и сотрудников правоохранительных органов. Патриарх выступал со многими миротворческими инициативами в связи с конфликтами на Балканах, армяно-азербайджанским противостоянием, боевыми действиями в Молдавии, событиями на Северном Кавказе, ситуацией на Ближнем Востоке, военной операцией против Ирака и т.д. Именно он пригласил к переговорам находящиеся в конфликте стороны во время политического кризиса в России 1993 г. 5 декабря 2008 г. Патриарх Московский и всея Руси Алексий II скончался.