25 мая 1983 г. назначен председателем Ответственной комиссии для разработки мероприятий по приему зданий ансамбля Данилова монастыря, организации и проведению всех реставрационных и строительных работ по созданию на его территории Духовно-административного центра Русской православной церкви. На этой должности пробыл до назначения на Санкт-Петербургскую (в то время – Ленинградскую) кафедру. 29 июня 1986 г. назначен митрополитом Ленинградским и Новгородским с поручением управлять Таллинской епархией. Более четверти века митрополит Алексий посвящал свои труды деятельности Конференции Европейских Церквей (КЕЦ). С 1964 г. он –  один из президентов (членов президиума) КЕЦ; на последующих генеральных ассамблеях переизбирался президентом. С 1971 г. Алексий – вице-председатель Президиума и Совещательного комитета КЕЦ. 26 марта 1987 г. избран председателем Президиума и Совещательного комитета КЕЦ. На VIII Генеральной ассамблее КЕЦ на Крите в 1979 г. митрополит Алексий был основным докладчиком на тему «В силе Святого Духа – служить миру». С 1972 г. он – член Совместного комитета КЕЦ и Совета Епископских Конференций Европы (СЕКЕ) Римско-Католической Церкви. 15-21 мая 1989 г. в Базеле, Швейцария, он был сопредседателем I Европейской экуменической ассамблеи на тему «Мир и справедливость», организованной КЕЦ и СЕКЕ. Митрополит Алексий был инициатором и председателем четырех семинаров церквей Советского Союза – членов КЕЦ и церквей, поддерживающих сотрудничество с этой региональной христианской организацией. Семинары проходили в Успенском Пюхтицком женском монастыре в 1982, 1984, 1986 и 1989 гг. С 1963 г. он был членом правления Советского фонда мира, участвовал в учредительном собрании общества «Родина», на котором избран членом совета общества 15 декабря 1975 г.; переизбирался 27 мая 1981 и 10 декабря 1987 гг. 24 октября 1980 г. на V Всесоюзной конференции Общества советско-индийской дружбы Алексий избран вице-президентом этого Общества. 11 марта 1989 г. он избран членом совета Фонда славянской письменности и славянских культур. Алексий – делегат Всемирной христианской конференции «Жизнь и мир» (20-24 апреля 1983 г., Упсала, Швеция), избран на этой конференции одним из ее президентов. С 24 января 1990 г. он входил в состав правления Советского фонда милосердия и здоровья; с 8 февраля 1990 г. – в состав президиума Ленинградского фонда культуры. От Фонда милосердия и здоровья в 1989 году был избран народным депутатом СССР. В качестве сопредседателя вошел в Российский организационный комитет по подготовке к встрече третьего тысячелетия и празднованию двухтысячелетия христианства (1998–2000 гг.). В составе делегации Русской православной церкви Алексий участвовал в работе III Ассамблеи Всемирного Совета Церквей (ВСЦ) в Нью-Дели (1961 г.); избирался членом Центрального комитета ВСЦ (1961–1968 гг.); был президентом Всемирной конференции «Церковь и общество» (Женева, Швейцария, 1966 г.); членом комиссии «Вера и устройство» ВСЦ (1964–1968 гг.). В качестве главы делегации Русской православной церкви участвовал в богословских собеседованиях с делегацией Евангелической Церкви в Германии «Арнольдсхайн-II» (ФРГ, 1962 г.), в богословских собеседованиях с делегацией Союза Евангелических Церквей в ГДР «Загорск-V» (Троице-Сергиева Лавра, 1984 г.), в богословских собеседованиях с Евангелическо-Лютеранской Церковью Финляндии в Ленинграде и Пюхтицком монастыре (1989 г.).