Таким образом был определён статус Мардука как «царя богов» и подтверждена позиция Вавилона как нового политического и духовного центра вместо Ниппура. После того как Мардук объединил в себе черты и функции множества традиционных городских богов Месопотамии, каждый из этих богов стал рассматриваться как манифестация Мардука. С того времени на протяжении всего I тыс. до н.э. Мардука называли «Господином», поклонялись ему как главному богу пантеона, он признавался таковым даже в надписях ассирийских царей. Единственное антропоморфное изображение Мардука, которое сопровождается клинописной подписью, сохранилось на печати из лазурита (IX в. до н.э.). На ней бог изображён в виде бородатого мужчины в длинном плаще с вытканными узорами и в высоком головном уборе. В левой руке он держит палку с привязанной к ней длинной верёвкой, свёрнутой в кольцо. Такой инструмент, использовавшийся при обмере полей, с древнейших времён считался в Месопотамии важнейшим атрибутом городского бога. В правой руке у Мардука изогнутая пастушья палка, символ царской власти. Бога сопровождает дракон-змея, которого Мардук позаимствовал у Тишпака, бога Эшнунны, после того как этот город был завоёван Хаммурапи. Главным местом почитания Мардука был упоминавшийся с XIX в. до н.э. храмовый комплекс Эсагилу («дом (с высоко) поднятой головой») в Вавилоне. На протяжении почти 2 тыс. лет существования храм подвергался перестройкам, наиболее существенная из которых была проведена в период правления Навуходоносора II (605 г. до н.э. – 562 г. до н.э.). В то время Вавилон стал самым крупным и богатым городом Ближнего Востока. Комплекс включал в себя десятки небольших храмов и культовых строений других месопотамских богов, а также зиккурат – многоступенчатую башню с храмом наверху. Некоторые исследователи считают, что это сооружение стало прообразом библейской Вавилонской башни. В ходе ежегодной церемонии празднования Нового года в храме Эсагилу читали поэму «Энума элиш», кульминацией было торжественное шествие, во время которого статую Мардука вместе со статуями других богов несли по дороге процессий через ворота Иштар, украшенные рельефами из глазурованных кирпичей, изображавшими единорога и дракона-змею, символы Иштар и Мардука. В 539 г. до н.э., после завоевания персами, Вавилония потеряла свою независимость, однако культовый центр Мардука просуществовал ещё около 800 лет, когда Вавилон находился под властью Александра Великого, а затем селевкидских и парфянских правителей. Сохранились письменные свидетельства того, что даже в III в., после того как Вавилон был оставлен жителями, храм Мардука ещё функционировал. Имя Мардук несколько раз встречается в тексте Библии. Оно входит в состав имени вождя халдейского племени и правителя Вавилона конца VIII в. до н.э. Мардук-апла-иддина (библ. Меродах Валадан, ср.: 4 Цар. 20:12–21), а также имени воспитателя Есфири Мардохея (евр. Мордехай, ср.: Есф. 2:5 и далее). Верховный бог Вавилона Мардук (Вил) упоминается в книгах пророков Исаии и Иеремии: «Вавилон взят, Вил посрамлён, Меродах сокрушён»; «посещу Вила в Вавилоне…, даже и стены Вавилонские падут» (Иер. 50:2; 51:44); «Пал Вил, низвергся Нево» (Ис. 46:1).