То, что, несмотря на старшинство Каина, в Священном Писании упоминается сначала его младший брат (Быт. 4:2), служит для Филона Александрийского указанием, что «порок старше добродетели, но по значимости и достоинству уступает ей». Особое внимание Филон Александрийский уделяет характеру совершённых братьями жертвоприношений, опираясь на разные их описания в тексте Священного Писания в переводе Септуагинты (Быт. 4:3). Каин, как любящий себя, символизирует человека, приносящего жертву в своих интересах, который забирает её основную часть (т.е. мясо) себе; боголюбивый Авель же совершает жертвоприношение как дар, отдавая Богу всё без остатка. Правда, эта аллегория, следуя за терминологией Септуагинты (LXX), отходит от буквального описания жертв братьев Богу в Библии (т.к. дары земли приносит как раз Каин, а первородных животных – Авель). Филон Александрийский подчёркивает, что, во-первых, Каин принёс жертву не сразу, а «спустя несколько времени» (Быт. 4:3); это говорит о том, что «прекрасные поступки должно совершать тотчас, не дожидаясь призывов, не медля и не сомневаясь»; во-вторых, Каин принёс свою жертву не от первых плодов (оставив себе лучшие), т.е. он приносит вначале награду миру тварному, а Божеству потом, тем самым нарушая иерархию. Развивая эту аллегорию дальше, Филон Александрийский замечает, что Авель в отличие от брата принёс жертвы «одушевлёнными, а не лишёнными души, первыми по рождению, а не поздними, крепкими и тучными, а не хилыми». Выход двух братьев в поле (Быт. 4:8) Филон Александрийский аллегорически истолковывает как иносказание о принципиальном состязании (или диспуте) между представителями двух непримиримых учений: Каин, «всё возводящий к себе», символизирует учение, любящее себя, а Авель, всё возводящий к Богу, – учение, любящее Бога. Каин вызывает Авеля на спор, чтобы «с помощью правдоподобных софизмов сделать его своей добычей». Гибель Авеля лишь на первый взгляд демонстрирует победу софистики, на самом же деле, убив Авеля, Каин уничтожил себя самого, потому что истребил в себе учение, любящее добродетель и Бога; в то время как Авель был уничтожен лишь в рассудке безумца, но остался жить в Боге счастливой жизнью. Филон Александрийский специально обращает внимание на словоупотребление в Септуагинте (LXX), отмечая, что Каин в качестве наказания отныне будет «обрабатывать» (Быт. 4:12), а не «возделывать» землю; тем самым он лишается дара земледелия как искусства, который впоследствии будет дарован праведному Ною (Быт. 9:20). На вопрос, почему Бог сразу же не наказал Каина смертью, Филон Александрийский ответил, что состояние постоянной печали и страха, а также плотская жизнь, подобная лишённым разума животным, в отдалении от его рода, оказались для Каина ничуть не лучше смерти. Возведение Каином первого города Филон Александрийский аллегорически представляет как основание им собственного учения. Наряду с Филоном Александрийским Иосиф Флавий истолковывал имя Каина на основании Быт. 4:1 как «приобретение», а имя Авеля как «печаль».