В 880 г. Аббаса разбили и отбросили снова к Барке. Здесь он смог продержаться ещё некоторое время, пока в 882 г. посланное Ахмедом войско не уничтожило его отряд и не взяло самого его в плен. За то время, которое Ахмед потратил на подавление восстания сына, все завоеванные провинции отпали от него. В 881/882 г. Лулу, назначенный им управляющим Месопотамии, перешёл на сторону аль-Муваффака. В 882 г., покончив с делами в Египте, Ахмед совершил новый поход в Сирию и опять подчинил её своей власти. Однако тонко задуманный Ахмедом план, обещая защиту, привлечь в Сирию халифа аль-Мутамида, недовольного опекой своего брата, чтобы, контролируя его, разыгрывать роль сберегателя законного главы от козней бесчеловечного родственника, не удался, невзирая на полную готовность со стороны самого халифа. Аль-Мутамид был перехвачен по пути в Сирию. Попытка завладеть Меккой в 883 г. завершилась неудачей благодаря неожиданному сопротивлению собравшегося там огромного числа паломников. Затем Ахмед объявил аль-Муваффака лишённым сана как бунтовщика против «наместника пророка». В ответ на это аль-Муваффак вынудил халифа официально отстранить Ахмеда от должности наместника Египта. Оба лидера прокляли друг друга во время пятничной молитвы. Тем временем эмир потерпел довольно чувствительное поражение во время неудачной осады Тарса, где засел один из его военачальников Язман аль-Хадим, возгордившийся одержанной им недавно победой над византийцами. Тем не менее, Ахмед опять подчинил себе практически всю Сирию. Но уже под Тарсом он ощутил первые признаки надвигавшейся болезни. Боли усилились вследствие несоблюдения диеты. Вернувшись в Фустат и назначив наследником своего сына Хумаравейха, Ахмед ибн Тулун умер в возрасте 50 лет от заворота кишок (по другой версии умер в Антиохии). В результате завоеваний Ахмеда ибн Тулуна возникла обширная держава, которой он правил, опираясь на большую профессиональную армию, составленную из рабов, среди которых преобладали тюрки, берберы, греки и чёрные нубийцы. Его правление, которое длилось больше десяти лет, позволило Ахмеду оставить после себя хорошо обученных военных, стабильную экономику и опытных чиновников для надзора за государственными делами. Собирая обширные подати с богатой провинции, он вкладывал часть средств в развитие сельского хозяйства и торговли; начал чеканить монеты, на которых рядом с именем халифа ставил своё имя. Благодаря полной автономии, вследствие чего налоги перестали отправляться в Багдад, можно было развивать ирригацию и построить сильный флот, что значительно стимулировало развитие местной экономики и торговли. Ахмед уделял много внимания укреплению и украшению своей столицы Фустата. Мечеть ибн Тулуна, лежащая посреди квартала Катай, воздвигнутого им в 877–879 гг. и вошедшего в черту нынешнего города Каира, свидетельствует об общеполезной деятельности эмира. Сам Катай был заложен в стиле великих городов Персии и Византии. В нём были сооружены большая городская площадь, ипподром, дворец правителя. По всему Египту при Ахмеде развернулось интенсивное строительство, рылись каналы и ремонтировались ниломеры. При Ахмаде ибн Тулуне в 873 г. была построена первая крупная государственная больница, предназначенная исключительно для бедных слоёв населения. Ибн Тулун отпускал на нужды этого госпиталя 60 тыс. динаров и посещал его каждую пятницу. Больница включала также отделение для умалишённых.