После обращений митрополита Воронежского и Липецкого Мефодия (Немцова) к властям Липецкой области решением заместителя председателя Липецкого облисполкома Михаила Тихоновича Наролина от 29 апреля 1991 г. сохранившиеся постройки Задонского монастыря безвозмездно передавались РПЦ. Первое богослужение состоялось 19 августа 1991 г. в надвратном Преображенском храме. Решением Синода от 2 октября 1993 г. Задонский монастырь был возобновлён как женский, 17 января 1994 г. зарегистрирован в органах юстиции (Государственный архив Липецкой области). В ноябре 1998 г. Задонский монастырь посетил Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. В обители проживают настоятельница игуменья Зинона (Деева) и более 50 насельниц. Митрополит Мефодий (Немцов) 17 апреля 1993 г. освятил восстановленный Троицкий собор, 18 ноября 2001 г. – центральный придел в нижнем храме собора в честь Успения Пресвятой Богородицы. Нижние придельные престолы во имя Николая Чудотворца и Иоанна Предтечи были освящены иерейским чином, а 28 мая 2007 г., в день Сошествия Святого Духа, епископ Липецкий и Елецкий Никон (Васин) освятил главный престол во имя Святой Троицы. К 2008 г. построены просторная купель на источнике Тихона Задонского, двухэтажный сестринский корпус с трапезной на первом этаже, трёхэтажный хозяйственно-гостиничный корпус, водонапорная башня, коровник, склады, гараж. Восстановлены три утраченных яруса надвратной колокольни, угловые башни ограды, два дома для сестёр и паломников. На месте несохранившихся Тихоновского храма и братского кладбища поставлена деревянная часовня. Монастырю принадлежит больше 220 га земли, заведено хозяйство, есть коровы, овцы и козы (до сотни голов), птичник и пасека; автотракторный парк, мастерские, пекарня, оборудованная прачечная и теплица, в которой кроме обычных овощей и зелени растут лимоны. Среди святынь Задонского монастыря – частица мощей Тихона Задонского, ковчег со святынями Святой земли, иконы Божьей Матери «Иверская» (написана на Афоне, утрачена в 1920 г., возвращена в 1999 г.), «Взыскание погибших» и «Достойно есть». В западной части нижнего храма Троицкого собора у северной стены находятся распятие и устроенная в 2001 г. усыпальница, в которую перенесены останки первых пяти насельников XIX в., обретённые в 1996 г. при земляных работах близ разрушенного Троицкого храма. Установлены имена троих: иеросхимонаха Тихона, иеромонаха Мелхиседека и схимонаха Спиридона. Трижды в год из монастыря совершается крестный ход к источнику святителя Тихона – на Богоявление, в день празднования иконе Божьей Матери «Живоносный Источник» и на Преполовение Пятидесятницы.