10 июля 1927 г. следствие было завершено, материалы отправлены для окончательного решения в Москву, дело было передано на рассмотрение тройки при Секретном отделе ОГПУ. 23 сентября 1927 г. особым совещанием при Коллегии ОГПУ Вениамин был приговорён к трём годам ссылки в Казахстан; отбывал срок в посёлке Джамбейта Уральской области, в 1929 г. был переведён в село Каратюбе в той же области. В ссылке епископ поддерживал активную переписку со своей паствой, окормлял духовных чад, вникал в возникавшие административные проблемы. В связи со смущением, возникшим после публикации Заместителем Патриаршего Местоблюстителя митрополитом Сергием (Страгородским) и Священным Синодом «Декларации» 1927 г., Вениамин, разъясняя пастве свою позицию, в 1928 г. писал из ссылки: «Каноны говорят: нельзя Предстоятеля Церкви судить без суда Церкви. Если его пока нет, то пребудь в терпении, и уповании, и чаянии грядущего суда; он будет или через Собор или, по невозможности его, через консенсус, какой состоялся об обновленцах. Митрополит Агафангел, находясь в преддверии смерти, не решился выступить с судом (отделение означает именно суд) без суда Церкви. Я тоже не решаюсь и боюсь. Я повинуюсь митрополиту Сергию. Это не означает, что я соглашаюсь с Декларацией... Я с ней не соглашаюсь, я против неё, я осуждаю её. Я не «мирюсь» и не «соглашаюсь» с митрополитом Сергием и считаю его виновным, а просто повинуюсь. Я хочу быть послушным Церкви и её канону: без суда не суди. Я боюсь выступить с судом без суда Церкви. Кто поступает лучше – предоставляю решить церковному сознанию». В конце 1929 г. в Тутаеве, как и по всей стране, начались массовые аресты. Верующих обвиняли в создании «контрреволюционных организаций», помощи ссыльному духовенству. В материалы следствия попали письма Вениамина, изъятые при арестах, следователь, составляя обвинительное заключение, 18 февраля 1930 г. сделал вывод о необходимости «привлечь к ответственности через соответствующие органы находящегося в ссылке епископа Вениамина Воскресенского за распространение антисоветской переписки». В марте 1930 г. ОГПУ в городе Уральске было начато дело против духовенства Михаило-Архангельского собора и верующих. 1 апреля 1930 г. Вениамина арестовали вместе с другими 29 обвиняемыми; поскольку он имел сан епископа, ОГПУ сделало его главным обвиняемым по делу. На допросах Вениамин виновным себя не признал, заявил, что много «свидетелей» он никогда не видел, по существу предъявленного обвинения сказал: «Я борюсь с безбожием советской власти, жалуюсь на это безбожие, но убеждён, что это не означает призывание к свержению советской власти как государственной власти. В моём понимании религия и государство – два разных института». Следствие продолжалось около года, епископ тяжело болел (правая сторона тела была парализована) и был помещён в тюремную больницу. 10 сентября 1931 г. тройка при Полномочном представительстве ОГПУ в Казахстане приговорила священномученика к десяти годам исправительно-трудовых лагерей. Однако приговор не мог быть исполнен, т.к. Вениамин скончался в тюремной больнице. Прославлен архиерейским юбилейным Собором РПЦ 2000 г.