Вторая сессия открылась торжественным молебном в Софийском соборе Киева 20 июня, а завершила работу 11 июля 1918 г. Полномочия делегатов проверяла мандатная комиссия из 20 членов (по одному от каждой епархии) во главе с Сумским епископом Митрофаном (Абрамовым). На комиссию внутреннего распорядка из 15 делегатов во главе с Елисаветградским епископом Прокопием (Титовым) возлагалось поддержание порядка на соборных заседаниях. К началу заседаний прибыл 251 делегат, через неделю их было 429, к концу работы сессии – 502. Полномочия 82 делегатов (в том числе представителей профобъединений) не были признаны действительными. 21 июня начались заседания Собора (всего их состоялось 16). Во вступительном слове председатель Собора епископ Пимен (Пегов) подвёл итоги первой и сформулировал вопросы второй сессии: Высшее церковное управление на Украине, материальное обеспечение духовенства, духовные школы. Он объявил, что вторая сессия будет непродолжительной ввиду летних сельхозработ, и что требующий дискуссии вопрос об автокефалии Украинской церкви обсуждаться не будет. 21 июня на первом пленарном заседании В.В. Зеньковский огласил декларацию о государственно-церковных взаимоотношениях и от имени правительства просил участников Собора положительно решить вопрос о создании в Киеве независимого от Москвы Высшего церковного управления без обсуждения автокефалии и украинизации церкви. Он объявил, что правительство гетмана не намерено вмешиваться в церковную жизнь и объявлять автокефалию в законодательном порядке. Таким образом, власти сформулировали перед делегатами Собора задачу достижения церковной автономии, но не автокефалии Украинской церкви. От имени правительства министр выразил недовольство действиями патриарха Тихона, утвердившего избрание Киевского митрополита Антония, которое произошло на Киевском епархиальном съезде, а не на Всеукраинском Соборе, и рекомендовал участникам ВПЦС вернуться к этому вопросу. В тот же день Собор вновь утвердил Антония митрополитом Киевским и Галицким. Поскольку правительство гетмана П.П. Скоропадского не настаивало на автокефалии, большинство участников Собора уже в начале второй сессии выступили за отстранение от соборных заседаний делегатов из числа членов бывшей ВПЦР. На заседании 12 (25) июня 62 делегата во главе с протоиереем Ф. Титовым предложили: перепроверить мандаты участников Собора (прежде всего, тех, кто представлял не епархии, а иные организации); переизбрать президиум Собора, оставив в нём лишь епископов; выносить на всеобщее обсуждение вопросы лишь после их обсуждения в комиссиях; принять постановление, осуждающее убийство митрополита Владимира и санкционирующее проведение расследования этого преступления (соборная рада во главе с епископом Пименом не поддержала эти предложения). После того как за резолюцию рады проголосовало 145 делегатов (в том числе пять епископов), против – 153 (в том числе два епископа), президиум Собора и его председатель епископ Пимен объявили о сложении своих полномочий.