Третье заседание 26 июня на правах товарища председателя Собора созвал епископ Пахомий (Кедров), председательствовал на нём митрополит Антоний, который объявил, что его избрание на Киевскую кафедру признано правительством, и предложил подавшему в отставку президиуму вернуться к исполнению своих обязанностей. Предложение поддержала группа из 124 делегатов во главе с профессором П. Кудрявцевым. С небольшим перевесом голосов такое решение было принято. На четвёртом заседании 27 июня обсуждались вопросы об ускорении темпов работы комиссии по Высшему церковному управлению, учебной и экономической комиссий, о травле митрополита Антония в украинской прессе и об участии в ней делегата Собора П. Мазюкевича (добровольно сложил с себя полномочия делегата на пятом заседании). Архиепископ Евлогий, избранный председателем комиссии по церковному управлению, сложил с себя полномочия главы комиссии по украинизации. Её председателем был избран епископ Димитрий (Вербицкий), заместителем стал Щетинюк. В дальнейшем комиссия практически не работала. На пятом (1 июля) и шестом (3 июля) заседаниях бывшие члены ВПЦР попытались изгнать с Собора архимандрита Вениамина (Федченкова), которого считали одним из наиболее опасных противников автокефалии, оспорив его мандат представителя архиепископа Таврического. Большинством голосов полномочия архимандрита Вениамина были признаны действительными. Впоследствии митрополит Вениамин (Федченков) вспоминал, что сторонники автокефалии не давали делегатам обсуждать иные (кроме автокефалии) вопросы церковной жизни. При обсуждении на пятом и шестом заседаниях декларации о государственно-церковных взаимоотношениях, изложенной 21 июня В.В. Зеньковским, консервативно настроенные делегаты предлагали осудить вмешательство государства в дела церкви, а сторонники национальной и церковной независимости Украины – выразить лояльность режиму гетмана. С этим вопросом делегаты Собора увязали проблему признания «в государственном порядке» Киевского митрополита Антония. Большинство делегатов поддержали Соборную раду, предложившую обратиться с соответствующим заявлением к властям. Ряд делегатов, в их числе архимандрит Вениамин (Федченков), полагали, что вопрос о законности избрания митрополита решён после его благословения патриархом Тихоном. 2 июля в Софийском соборе состоялось торжественное богослужение, которое возглавил митрополит Антоний. На богослужении присутствовали гетман П.П. Скоропадский и министры. После литургии митрополит Антоний произнёс проповедь, в которой выразил надежду на то, что возрождение нормальной жизни в России начнётся с Украины. На седьмом заседании 5 июля 102 делегата, сторонники автокефалии, обвинили Собор (прежде всего, епископат) в том, что он не отражает истинного настроения православного украинского народа и противодействует политике властей. Собор выразил им порицание. Оскорбительное для священноначалия заявление и атака на архимандрита Вениамина спровоцировали ответную дискуссию о законности полномочий делегатов от нецерковных учреждений, по большей части, приверженцев ВПЦР; мандаты значительной группы сторонников автокефалии были аннулированы.