В 1716 г. Вахтанг VI Багратиони всё же принял ислам и получил Картлийский престол. Вернувшись на родину в 1719 г., собрал комиссию так называемых «учёных мужей» с Бери Эгнаташвили во главе для восстановления первоначальных текстов «Жития Картли» («Картлис Цховреба», первой половины XII в.). Вахтанг VI Багратиони внёс в сборник жития 13 сирийских отцов, преподобного Евфимия Афонского, а также мучеников за веру, причисленных к лику святых: Шушаника, Давида, Константина, Гоброна, Кетевана, составил описание деятельности продолжателей «Жития Картли», содержавшее отдельные примеры защиты христианского государства, основанные на свидетельствах грузинских и иностранных документов, перевёл на грузинский язык «Жизнь Александра Македонского» Квинта Курция. Для освобождения Картли от иранской зависимости Вахтанг VI Багратиони установил связи с Россией. В 1715 г. князь Артемий Петрович Волынский по поручению российского императора Петра I вёл переговоры с Вахтангом VI Багратиони ещё в Иране, затем они продолжились после возвращения Вахтанга VI Багратиони из плена. В 1720 гг. между Вахтангом VI Багратиони и императором Петром I было заключено соглашение о проведении совместных военных действий, но в результате осложнения международной обстановки и усиления Турции Вахтанг VI Багратиони остался без поддержки. В результате в 1723 г. войско османского паши заняло Тбилиси. В апреле 1724 г. в сопровождении 1200 человек Вахтанг VI Багратиони отправился в Россию, надеясь с её помощью вернуть себе престол и освободить Картли, но надежды его не оправдались, Россия не смогла ничем помочь ему в деле освобождения Картли от политического давления мусульманских государств. Вахтанг VI Багратиони был похоронен в Астрахани. За годы, проведённые в России, он перевёл на грузинский язык артиллерийский учебник командующего российской артиллерией генерала Александра Багратиони, составил «Книгу о смешении масел и делании химии», где описал опыты, которые проводил лично, и снабдил пособие чертежами физических и химических приборов. Эта книга использовалась в медицине и в различных мастерских, была единственной в своём роде и сохраняла своё прикладное значение до XIX в. В 1728–1738 гг. Вахтанг VI Багратиони трудился над генеалогией рода царской династии Багратиони, уточнял даты по светским и духовным текстам, определил принципы хронологического исчисления, составил таблицы. Он увлекался литературой и был автором лирических произведений, переводчиком с персидского дидактического произведения «Калила и Димна».