Приехавшие в 1625 г. в Москву ватопедские архимандриты Игнатий и Григорий с келарем и старцами привезли мозаичную икону Спасителя, мощи священномученика Киприана и мученицы Иустины, правую руку (по запястье) мученицы Татианы. Ватопед получил 100 руб. от царя Михаила Фёдоровича (1613–1645 гг.) и 100 руб. от патриарха Филарета, а также жалованную грамоту (от 11 января 1626 г.), разрешавшую ватопедским монахам приход за милостыней каждый четвёртый год (это правило строго соблюдалось, поэтому прибывшему в Путивль в 1628 г. ватопедскому архимандриту Парфению было отказано в милостыне и выданы только деньги на обратную дорогу). В том же году архимандрит Макарий из афонского скита вмч. Димитрия, зависимого от Ватопеда, подарил государю чудотворное полотенце вмч. Димитрия. Во время вторичного приезда архимандрита Игнатия в 1629 г. речь зашла о принесении на некоторое время в Москву для поклонения ватопедской святыни – Креста, сделанного императором Константином I Великим (323–337 гг.) по образу креста, который явился на небе, знаменуя его победу над Максенцием. По преданию, он был подарен монастырю императором Феодосием I Великим (379–395 гг.). Однако, несмотря на посланную Константинопольскому патриарху Кириллу I Лукарису (1620–1623, 1623–1633, 1633–1634, 1634–1635, 1637–1638 гг.) царскую грамоту, эта просьба осталась без ответа. В Россию для сбора пожертвований из Ватопеда приезжали архимандриты Феофан (1640 г.), Феодосий (1646 г.), Роман (1649 г.). В 1646 г. царём Алексеем Михайловичем (1645–1676 гг.) была выдана новая жалованная грамота ватопедским монахам. В октябре 1653 г. патриарх Никон (1652–1666 гг.) отправил на Афон Арсения (Суханова) с целью приобретения древних греческих и славянских рукописей, необходимых для исправления русских богослужебных книг (из отобранных им 498 рукописей и книг 64 происходили из Ватопеда). Прибывший в 1652 г. в Москву архимандрит Дамаскин нуждался в значительной сумме денег (две тыс. руб.) для обновления росписи монастырского собора. Между ним и царём Алексеем Михайловичем была достигнута договорённость о привозе в Москву для поклонения Креста императора Константина и главы Иоанна Златоуста. Реликвии были привезены в 1655 г., однако в нарушение обещания они были оставлены в Москве «лет на двадцать» (ватопедские монахи пытались вернуть святыни обратно на протяжении трёх десятилетий). Архимандрит Макарий в 1657 г. не был допущен в столицу и получил милостыню в Путивле. Когда экклисиарх Лука в составе большой афонской делегации всё-таки достиг Москвы (1665 г.) и поднял вопрос о возвращении реликвий, Алексей Михайлович вручил ему одну тыс. руб. и послание на Афон, в котором говорилось, что таким святыням не следует пребывать под властью бусурман, поэтому они не будут отосланы назад. Сопровождавший Луку келарь Кирилл, проявивший неуступчивость и требовавший возвращения святыни, был сослан на Соловки, откуда в 1675 г. переведён в Чудов монастырь и только в 1683 г. отпущен на Афон. В 1683 г. в Москву для возврата реликвий был послан архимандрит Дометиан, получивший от царей Иоанна V и Петра I пожертвования и новую жалованную грамоту, где говорилось, что Крест и глава были привезены в Россию на сохранение «от насилия агарянского» и устанавливалась особая выплата за эти святыни по 500 р. в каждый приезд. Когда в 1688 г. в Москве появился архимандрит Косма, имевший при себе грамоты о разного рода материальной помощи Ватопеду, никаких требований о возврате реликвий в этих документах уже не содержалось. Ватопедскому келарю Симеону и двум другим старцам в 1694 г. отпущено 500 р. «ради святынь». Афонскими монахами для успокоения паломников была сложена легенда, что в Москву вместо главы Иоанна Златоуста была послана глава Андрея Критского, однако ещё в 1709 г. в перечне ватопедских святынь значилась глава Андрея Критского и не упоминалась глава Иоанна Златоуста. Версия о замене нашла отражение в печатных проскинитариях Ватопеда, однако в откровенных разговорах ватопедцы это отрицали. Вопрос о святынях остаётся открытым, т.к. в настоящее время две реликвии почитаются как глава Иоанна Златоуста (одна – в Ватопеде (с нетленным ухом), другая – в Богоявленском соборе в Москве, куда она была в 1988 г. передана из Музея Московского Кремля). Крест, который предание связывало с Константином I Великим, хранился в Успенском соборе в Кремле и был похищен во время взятия Москвы Наполеоном.