Таким образом, Ватикан не представляет собой однородного архитектурного целого. Это – собрание дворцов, залов, галерей, капелл, по стилю и времени постройки принадлежащих к разным эпохам и заключающих в себе беспримерное собрание сокровищ архитектуры, живописи и скульптуры. Начиная с XVIII в., архитекторы Ватикана занимались преимущественно созданием его музеев. Музей Пио-Клементино с собранием знаменитых античных статуй и мозаик разместился во дворце Иннокентия VIII. Новое крыло, проложенное через двор Бельведера параллельно библиотечному крылу, было построено при Пие VII (1800–1823 гг.) для экспозиции коллекции античных статуй. Папа Григорий ХVI (1831–1846 гг.) основал Египетский и Этрусский музеи. По инициативе папы Пия XI (1922–1939 гг.) была создана картинная галерея (Пинакотека). Рядом с ней при папах Иоанне ХХIII (1958–1963 гг.) и Павле VI (1963–1978 гг.) было построено здание, где разместились ценные коллекции раннехристианских и римских предметов материальной культуры, которые ранее экспонировались в Латеранском дворце. В 1971 г. в южной части Ватикана был построен новый зал папских аудиенций. Многие из произведений искусств – фрески, специально написанные на внутренних стенах дворцов. Шедевры живописи, скульптуры и других видов искусства собраны в галереях и внутренних двориках. Среди сокровищ Ватикана особенно знамениты фрески в Сикстинской капелле, написанные Микеланджело в 1508–1512 гг. по заказу папы Юлия II. Здесь представлены сцены из библейской «Книги Бытия» от сотворения человека до его грехопадения (они размещены в прямоугольных и треугольных ячейках, «поддерживаемых» рисованными пьедесталами и другими архитектурными элементами; сотни монументальных фигур изображены в поразительном разнообразии движений и поз). Столь же глубокое впечатление производит фреска «Страшный суд», завершённая Микеланджело в 1541 г. (занимает всю алтарную стену). В отличие от красочных фресок на потолке, посвящённых сюжетам Ветхого Завета, «Страшный суд» передаёт трагическую картину конца света. Хотя изначальные оттенки со временем сильно потускнели, композиция картины всё ещё сохраняется. В Сикстинской капелле представлены также другие замечательные произведения эпохи раннего Возрождения, созданные Перуджино, Боттичелли, Синьорелли, Гирландайо, Пинтуриккио и Козимо Розелли. На этаже, расположенном над Сикстинской капеллой, размещены знаменитые станцы (комнаты) Рафаэля, которые расписывались по заказу нескольких пап (Рафаэль творил при Юлии II и Льве Х, а работа была завершена при Клименте VII (1523–1534 гг.) его учениками). Фрески в этих станцах создавались в эпоху, когда Возрождение достигло своего расцвета: в Станце делла Сеньятура – «Афинская школа», «Диспут» и «Парнас» кисти Рафаэля, в Станце д' Элиодоро – его же «Изгнание Элиодора», «Освобождение апостола Петра из темницы», «Месса в Больсене», а в Станце дель Инчендио – «Пожар в Борго» (завершена Джулио Романо и его помощниками) и «Коронование Карла Великого папой Львом III». Джулио Романо (1492–1546 гг.) вместе с другим учеником Рафаэля Дж.Ф. Пенни осуществил замысел Рафаэля по декорации самой большой из станц – Зала Константина I Великого – фресками, воспроизводящими эпизоды из жизни императора. В сводчатой галерее (или Лоджии Рафаэля) ученики и помощники Рафаэля по его рисункам расписали потолок сценами из Ветхого Завета (так называемой «Малой Библией Рафаэля»). Впрочем, некоторые историки искусства дают неадекватную оценку роли Рафаэля в декоративной системе Лоджий. Из других ватиканских фресок известны работы Фра Анджелико, воспроизводящие сцены из жизни святых Стефана и Лаврентия в капелле папы Николая V. Покои папы Александра VI (1492–1503 гг.), известные как апартаменты Борджа, пышно расписанные Пинтуриккио сценами из священной истории и из языческих мифов. Фрески из истории папства в Сала Реджа созданы Джорджо Вазари, Франческо Сальвиати и Федериго Дзуккаро и другими художниками.