Гейсберт Воэций занимал строго кальвинистскую позицию по вопросу государственно-церковных отношений и полагал, что церковь должна быть независима от государства, а конгрегации свободны от власти магистратов. В 1640 гг. Гейсберт Воэций стал одним из основных действующих лиц в так называемом утрехтском кризисе – дискуссии с Рене Декартом, который в то время проживал в Голландии. Гейсберт Воэций написал сочинение «О природах и субстанциальных формах вещей» (декабрь 1641 г.), защищая Священное Писание и категории схоластической метафизики от идей Николая Коперника, от атомизма и «новой философии» Рене Декарта, которая, по мнению Гейсберта Воэция, вела к атеизму. В 1643 г. по просьбе и при участии Гейсберта Воэция его ученик М. Схок опубликовал сочинение «Удивительный метод новой философии Рене Декарта» («Admiranda methodus novae philosophiae Renati des Cartes». Utrecht, 1643 г.). Рене Декарт ответил «Письмом к прославленному мужу Гисберту Воэцию» («Epistolaad cellebrrimum virum Gisbertus Voetium». Amst., 1643 г.), где изобразил Гейсберта Воэция политическим интриганом и учёным шарлатаном, «научный» метод которого состоит в компиляции бесконечных цитат, аргументов и концепций из различных источников. Гейсберт Воэций ответил на эти выпады в предисловии к первому тому «Избранных богословских рассуждений» («Selectarum Disputationum theologicarum». Utrecht, 1648–1669 гг.), объяснив, что он преподаёт студентам реформатскую теологию и готовит их к пасторскому служению, поэтому считает необходимым познакомить читателей со многими сочинениями как древних, так и современных авторов, что при обсуждении теологических вопросов даёт им возможность самим выбрать и применить нужное на практике. Таким образом, в богословии Голландской реформатской церкви Гейсберт Воэций является создателем направления «практической теологии» («theologia practica»), важнейшим компонентом которого стала «аскетическая теология» («theologia ascetica»). В пособие для будущих пасторов («Exercitia et bibliotheca studiosi theologiae». Utrecht, 1644 г.) Гейсберт Воэций включил описания различных видов духовных упражнений, образцы проповедей, толкования наиболее трудных библейских стихов, ответы на часто задаваемые каверзные вопросы и т.д. Учениками Гейсберта Воэция были Г. де Брёйн, Йоханнес Хорнбек, Андреас Эссений, Матеас Нетен и др.