Польское руководство обвинило Стефана Вышиньского в «недружественной и нелояльной позиции» по отношению к государству и в 1967 г. отказало ему в возможности выезда в Ватикан на ассамблею Всемирного синода епископов. В конце 1970 гг. с развитием нового политического кризиса в Польше и приходом к власти Эдварда Герека стала меняться политика правительства в отношении католической церкви. 3 марта 1971 г. состоялась встреча Стефана Вышиньского с председателем Совета министров Польши Петром Ярошевичем, положившая начало процессу нормализации государственно-церковных отношений. В апреле того же года в Риме прошли первые официальные переговоры между Ватиканом и представителями польских властей, 23 июня сейм Польской Народной Республики принял закон о возвращении религиозным организациям конфискованной государством после Второй мировой войны собственности на западных и северных польских землях. В 1972 г. стараниями Стефана Вышиньского была окончательно решена проблема церковной юрисдикции в западных землях, на территории которых буллой папы Павла VI «Episcoporum Poloniae coetus» (28 июня 1972 г.) официально утверждалась польская церковная администрация. С 1973 г. установились постоянные рабочие контакты руководства Польши с Ватиканом. 22 октября 1978 г. Стефан Вышиньский принимал участие в интронизации новоизбранного папы Иоанна Павла II, который в 1964 г. по непосредственному представлению Стефана Вышиньского был назначен архиепископом Краковским. Польские власти были вынуждены прибегнуть к помощи Стефана Вышиньского при организации первого визита папы Иоанна Павла II в Польшу, который состоялся 2–10 июня 1979 г. С развитием кризисной ситуации в стране на рубеже 1970–1980 гг. руководители Польши неоднократно обращались к Стефану Вышиньскому с просьбой содействовать нормализации общественной и политической жизни страны. Во время массовых забастовок в августе 1980 г. через официальные польские СМИ Стефан Вышиньский обратился к рабочим с призывом вернуться на свои производственные места, прекратить конфронтацию в обществе и начать переговоры с государственной властью. Стефан Вышиньский похоронен в кафедральном соборе св. Иоанна в Варшаве. В 1987 г. его останки были перенесены в часовню, сооружённую в том же соборе. В 1989 г. начался процесс его беатификации. Имя Стефана Вышиньского присвоено учреждённому Польским сеймом в 1999 г. новому университету в Варшаве.