После смерти кардинала Августа Хлонда 12 ноября 1948 г. папа Пий ХII назначил Стефана Вышиньского архиепископом-митрополитом Гнезненским и Варшавским, примасом Польши. Интронизация нового примаса состоялась 2 февраля 1949 г. в Гнезно и 6 февраля в Варшаве. Одной из основных задач Стефана Вышиньского являлась нормализация отношений между католической церковью и новым польским правительством, принявшим в 1949 г. антирелигиозный декрет «О защите свободы совести и вероисповеданий». 14 апреля 1950 г. было подписано соглашение между польским епископатом и государством, юридически оформлявшее положение католической церкви в Польше. Со стороны государства предоставлялись гарантии свободной деятельности католическим организациям, беспрепятственное социальное служение в армии, больницах, местах заключения, религиозное обучение в государственных школах; в ответ католические иерархи объявляли о признании нового политического строя и призывали духовенство и верующих к участию в общественной жизни. Тем не менее, политика властей, направленная на отделение церкви от государства, зачастую приводила к нарушению достигнутых соглашений и ограничению церковной деятельности, что вызывало неоднократные протесты со стороны Стефана Вышиньского и польского епископата. В 1951 г. Стефан Вышиньский совершил первое посещение Рима ad limina apostolorum, где 18 апреля получил от папы особые полномочия по управлению католической церковью в Польше. 12 января 1953 г. папа Пий XII возвёл Стефана Вышиньского в сан кардинала, но из-за противодействия со стороны польских властей он не смог выехать в Рим для получения знаков кардинальского достоинства. 9 февраля того же года правительство Польши приняло декрет о реорганизации церковного управления и установило государственный контроль за назначением епископов и священников на кафедры и приходы. 8 мая польский епископат во главе со Стефаном Вышиньским направил председателю Совета министров Польши Болеславу Беруту послание «Non possumus», в котором выражался протест против вмешательства властей во внутренние дела католической церкви и попыток государственного контроля за назначением на церковные должности. В ответ польское правительство предприняло ряд репрессивных действий в отношении католического духовенства и религиозных изданий. 14–22 сентября был проведён показательный процесс над Келецким епископом Чеславом Качмареком, обвинённым в сотрудничестве с нацистами, шпионаже и антигосударственной деятельности и приговорённым к 12 годам заключения. 24 сентября Стефан Вышиньский направил правительству послание «В защиту папы и иерархии», в котором вступился за осуждённого епископа. Поздним вечером 25 сентября примас был арестован и вывезен из Варшавы.