В 1873–1876 гг. на территории современной Вологодской области жили 512 католиков, в начале ХХ в. – около 600, в 1917–1922 гг. большинство католиков уехали из Вологодской губернии. В 1866 или 1873 г. в Вологде был устроен католический домовый храм (каплица), ксёндзы совершали поездки по губернии. В 1913 г. освящён костёл в честь Воздвижения Святого Креста, закрытый в 1929 г. В конце ХХ в. в Вологде была зарегистрирована не имеющая храма община римо-католиков в составе архиепархии Божьей Матери (Центральный деканат). В середине XIX в. на территории современной Вологодской области жили около сотни протестантов, значительное увеличение их числа произошло в начале XX в. в результате переселения крестьян из западных губерний в ходе Столыпинской аграрной реформы, в частности, в Никольском уезде к 1912 г. поселились более тысячи эстонцев-лютеран. Самоопределение Прибалтийских государств после 1918 г. вызвало возвращение эстонцев и латышей в Прибалтику. В 1822 г. упоминается лютеранская община в Великом Устюге, как полагают исследователи, прекратившая существование к середине XIX в. С 1824 г. исследователям известен лютеранский приход в Вологде, 27 декабря 1898 г. в губернском центре была освящена лютеранская церковь в честь Вознесения Господня, в которой служил пастор, приезжавший из Ярославля. Осенью 1924 г. кирха была закрыта и передана Латышскому клубу, затем различным общественным организациям. В конце 1980 гг. на территории Вологодской области действовали две общины баптистов, по одной общине адвентистов седьмого дня и методистов, группы пятидесятников. В 1991 г. в Вологодской области получило регистрацию объединение евангельских христиан. В настоящее время на территории Вологодской области зарегистрированы 16 объединений христиан веры евангельской (пятидесятников), шесть общин евангельских христиан, три – евангельских христиан-баптистов, три – адвентистов седьмого дня. В Череповце при общине пятидесятников «Добрая весть» работают приют для детей и гимназия. В конце XIX в. в Вологде действовала синагога, которая была закрыта властями в середине 1920 гг. В настоящее время на территории Вологодской области зарегистрирована община ортодоксальных иудеев, входящих в Федерацию еврейских общин России. В Вологодской области зарегистрирована община мусульман (суннитов). На территории Вологодской области действуют две общины свидетелей Иеговы (члены секты присутствуют почти во всех регионах), община Общества Сознания Кришны (вайшнавы), общины духовных христиан-трезвенников (чуриковцев; в Вологде, Череповце, селе Сямжа, в Харовском районе), группы «Анастасия» (в Череповце, Кадуйском районе), последователи бахаи (в Вологде), общины христиан веры евангельской – субботников (в Кичменгско-Городецком районе), Новоапостольской церкви (в Вологде, в Череповце, в Соколе), последователи культов Сатьи Саи Бабы и Сохаджа-йоги (по одной группе в Вологде), центр Рерихов (см. Живая этика; в Вологде, Череповце), группы Церкви объединения (в Вологде, Череповце), последователей церкви Последнего завета (в Вологде), приверженцев саентологии (в Вологде, Череповце), общины Шри Чин Моя (в Вологде, Череповце). Коренные жители северо-западных районов Вологодской области – вепсы делают попытки возрождения угро-финских языческих культов.