Первая проповедь старообрядчества на территории края связана с деятельностью Иоанна Неронова, сосланного в 1653 г. в Спасо-Каменный, затем в 1665–1666 гг. в Спасо-Прилуцкий монастырь и оставившего после себя учеников. Около 1670 г. Першка (Перфилий) Осипов, крестьянин деревни Рупосовой Комельской волости Вологодского уезда, вместе с женой проповедовал «старую веру» в близлежащей деревне Сычёвой, вотчине Спасо-Прилуцкого монастыря; в ноябре 1685 г. 55 крестьян сожгли себя в избе П. Осипова. Под влиянием Выголексинского общежительства в 1740 гг. сформировались центры старообрядчества в Белозерье и Чаронде, старообрядцы из Пошехонья переселялись в район реки Шексны, нижнего течения Суды и города Грязовца (здесь в 1786 г. жили более 400 старообрядцев, в 1771 г. произошло самосожжение 15 человек). Отдельные группы последователей «старой веры» в середине XVIII в. известны в Тиксненской волости Тотемского уезда и на Кокшеньге (здесь произошло самосожжение в 1727 г.), а также в ряде волостей Вологодского уезда. Свидетельства о старообрядцах в Вологде появляются в 1720 гг. В 1743 г. в заключение в Кириллов Белозерский монастырь был отправлен житель Вологды Степан Тимофеевич Обалдин, который под именем старца Иоанна проповедовал «старую веру». В 1800 г., по официальным данным, в городе жили 19 семей старообрядцев-беспоповцев, в 1780 гг. числилось не больше сорока последователей «старой веры». В XIX в. в Вологодской губернии старообрядцы жили в Вологодском уезде (около 500 человек в Домшинском приходе), Грязовецком уезде (около 800 человек в Жерноковской волости), по Кокшеньге в Тотемском уезде (около 400 человек). В деревне Гавриловской этого же уезда (ныне Тарногский район) в конце ХIХ – начале ХХ вв. семья Каликиных занималась перепиской и распространением старообрядческой литературы. В конце XIX в. официально отмечено наличие 23 старообрядческих молелен. Вологодские старообрядцы принадлежали к поморскому, Спасову согласиям, аароновщине. На рубеже XIX–ХХ вв. в Кадниковском уезде была построена церковь Белокриницкой иерархии. В 1930 гг. старообрядческие общины были закрыты. На территории современной Вологодской области немногочисленные незарегистрированные общины старообрядцев существуют в Устюженском, Грязовецком, Тарногском районах. В последней трети ХХ в. в Череповце действовала община спасовцев. Археографические экспедиции Библиотеки Академии Наук выявили небольшую старообрядческую общину у Кубенского озера близ села Новленского, основатели которой переселились из Твери и Санкт-Петербурга. В общине занимались перепиской книг и собрали библиотеку, на основе которой в Библиотеке Академии Наук в 1980 гг. сложилась Кубенская коллекция. Небольшие группы католиков появились на Вологодчине в 1831 и 1863–1864 гг., после ссылки участников польских восстаний, и в начале XX в. в результате переселения крестьян из западных губерний в ходе Столыпинской аграрной реформы.