В XIX в. в монастыре были также построены каменные двухэтажный настоятельский и братский корпуса, хозяйственные здания. С трёх сторон монастырь был обнесён каменной оградой с четырьмя башнями (западная часть ограды оставалась деревянной). В одной из башен, справа от ворот, располагалась часовня над колодцем, который, по преданию, выкопал Галактион. Стены часовни украшали три картины, изображающие предсказания святого жителям Вологды. В 1892 г. из Вологодского монастыря в восстановленную Спасо-Каменную обитель крестным ходом был перенесён ковчег с частью мощей Иоасафа, а в Вологодском монастыре был оставлен крест с частицами мощей преподобного. С этого времени монастырь вновь стал называться Свято-Духовским. Его братия в XIX – начале XX вв. состояла из семи – десяти монахов и около 25 послушников. С 1907 г. настоятелем Вологодского монастыря был архимандрит Антоний (Быстров), хиротонисанный в 1910 г. во епископа Вельского, викария Вологодской епархии. К началу ХХ в. Вологодский монастырь владел 65 десятинами земли, рыбной ловлей на Кековском озере и мельницей на реке Комёле. 8 мая 1861 г. к Вологодскому монастырю была приписана упразднённая Арсениево-Одигитриева пустынь на реке Масляне (основана в XVI в. учениками Арсения Комельского иеромонахами Арсением и Иннокентием, мощи которых почивали на её территории) с 242 десятинами пашни и десятью пустошами, ей принадлежавшими. В 1908–1911 гг. капитал Вологодского монастыря составлял 61 860 руб. В 1918 г. Вологодский монастырь был закрыт, насельники жили в обители до 1923–1924 гг., в монастырских храмах, ставших приходскими, совершались богослужения. Весной 1922 г. прихожане собрали в помощь голодающим Поволжья серебряные вещи весом 7 фунтов 58 золотников 24 доли. Постановлением Вологодского губисполкома в монастыре были закрыты храм в честь Сошествия Святого Духа и часовня (24 сентября 1924 г.), Знаменская церковь (в 1928 г.). Часть братии была репрессирована, в том числе служившие после закрытия Вологодского монастыря в вологодском Лазаревском храме иеромонах Николай и иеродиакон Антоний (Ковалёв). С конца 1920 гг. территорию обители занимало подразделение десятой стрелковой дивизии, затем отделение ОГПУ, в настоящее время стадион «Динамо». Постройки монастыря уничтожены.