В 1673 г. патриарх Питирим разрешил провести освидетельствование и дознание о чудесах от мощей святого, что, вероятно, не состоялось. В 1697 г. Вологодским архиепископом Гавриилом в монастыре был обретён, но не вскрыт и вновь положен под спуд нетленный гроб святого. До середины XVII в. у Вологодского монастыря не было вотчин, братия получали от царя по 1 руб. в год на человека. В 1658 г. строитель игумен Иосиф просил царя Алексея Михайловича об увеличении жалованья монастырю. Царь в дополнение к прежнему содержанию пожаловал на 22 насельника денежную и хлебную ругу: по 2 руб. в год на человека, по две четверти ржи и по две четверти овса. В 1659 г. распорядился выдать единовременно по 3 руб. каждому иноку. Историк Павел Иванович Савваитов упоминает о девяти грамотах второй половины XVII в., по которым Вологодский монастырь получал из вологодских таможенных доходов жалованье деньгами, хлебом, воском, ладаном, церковным вином, пшеницей и солью. В XVIII – начале XIX вв. монастырь приобрёл земельные угодья, мельницу и рыбную ловлю. В 1764 г. Вологодский монастырь был оставлен на своём содержании. В 1775 г., после пожара в Спасо-Каменном монастыре на Кубенском озере, сгоревшая обитель была переведена в Вологодский монастырь со штатным содержанием, в ризницу Вологодского монастыря поступила сохранившаяся церковная утварь из Каменного монастыря, в Свято-Духовский собор были перенесены мощи преподобного Иоасафа Каменского. Вологодский монастырь стал называться Спасо-Каменским Духовским. В 1824 г. обитель посетил император Александра I. В XIX в. в Вологодском монастыре велось каменное строительство. В 1810–1811 гг. к Свято-Духовскому собору была пристроена трёхъярусная колокольня. Впоследствии храм неоднократно ремонтировался, в 1871–1872 гг. вместо обветшавшей была построена новая алтарная часть. По описанию историка Георгия Крескентьевича Лукомского, к началу XX в. Свято-Духовская церковь «представляла собой сооружение в стиле empire». В 1860 г. была разобрана сгоревшая в 1854 г. Знаменская церковь, на её месте к 1867 г. построили двухэтажный храм: верхняя церковь была освящена в честь иконы Божьей Матери «Знамение», нижняя – во имя преподобномученика Галактиона с приделами преподобного Иоасафа Каменского и святителей Димитрия и Иакова Ростовских. В нижней церкви при раке Галактиона хранились его вериги и цепь, а также икона Божьей Матери «Знамение» 1776 г. и несколько древних Евангелий (Государственный архив Вологодской области).