Воислав Джурич считает, что эти росписи выполнены одновременно с фресками наоса, и приписывает их столичным мастерам, а П. Милькович-Пепек относит их к 1164–1170 гг. и связывает с кругом художников, работавших в Нерези. По мнению В. Джурича, мастера, расписавшие Велюсу, придерживались идеалов «монашеского» направления в искусстве той эпохи. Монастырь находился под особым покровительством императора (грамота 1085 г.). В 1106 г. Велюсу посетил император Алексей I Комнин и щедро одарил обитель. В грамоте императора Мануила I (1152 г.) перечислены земельные владения Велюсы в Македонии. В 1164 г. были написаны иконы для храма, в описи того года упомянуты 35 икон (главная – Богоматерь с Младенцем), 67 рукописных книг, 17 царских грамот, архивные книги, церковные облачения и др. Болгарский царь Иоанн Асень II (1218–1241 гг.) передал Велюсу в качестве подворья афонскому Иверскому монастырю, в архивах которого сохранились сведения об истории Велюсы (грамоты, акты, типик, описи имущества). Статус подворья был закреплён Константинопольским патриархом Мануилом II (1250 г.) и подтверждён грамотой сербского царя Стефана IV Душана (1346 г.). Экзонартекс с южной галереей пристроены во второй половине XIV в., тогда же, как полагают исследователи, были созданы фрески экзонартекса, а также северной и западной стен галереи («Святой Онуфрий»). К XIX в. относится расцвет монашеской жизни в Велюсе. В 1913 г., во время первой Балканской войны, монастырь был разорён и оставлен иверскими монахами. Однако он продолжал действовать до Второй мировой войны. В 1958 г. была произведена расчистка фресок, в 1966 и 1970 гг. – консервация архитектуры и живописи. В настоящее время принадлежит Злетовско-Струмицкой епархии Сербской православной церкви, но фактически входит в состав Струмицкой митрополии православной церкви в Республике Македония. В 1995 г. здесь была создана монашеская община, в 1996 г. братия из Велюсы переместилась в близлежащий монастырь св. Леонтия в Водоча, а обитель заселена монахинями македонского, румынского, хорватского, русского и сербского происхождения. В монастыре действует общежительный устав, монахини занимаются иконописью, производством молочных продуктов. Велюса славится византийским церковным пением; здесь находится издательский центр, который публикует переводы с греческого языка как св. отцов, так и иерархов и афонских старцев ХХ в. (например, Иоанна (Зизиуласа), митрополита Пергамского, архимандрита Софрония, старцев Иосифа и Паисия Святогорца). Издаются произведения современных церковных деятелей (Наум, митрополит Струмицкий. «Слово од Елеуса» и «Слово од Водоча») и оказывается помощь в выпуске религиозного журнала «Премин». Престольный праздник – Введение Пресвятой Богородицы (21 ноября). В настоящее время в монастыре 14 монахинь, игуменья – Сарра.